功能科目，是指政府支出按其主要职能活动所作的一种分类科目，主要反映政府活动的不同功能和政策目标，具体设类、款、项三级。
经济科目，是指政府支出按经济性质和具体用途所作的一种分类科目，具体设类、款两级。
区别：
1、设置级数不同：
功能科目设置三级，经济科目设置两级。
2、性质不同：
功能科目包括：一般公共服务、外交、国防、公共安全、教育、科学技术、文化体育与传媒、社会保障和就业、社会保险基金支出、医疗卫生、环境保护、城乡社区事务、农林水事务、交通运输、采掘电力信息等事务、粮油物资储备及金融监管等事务、国债事务、其他支出和转移性支出。
经济分类科目设工资福利支出、商品和服务支出等12类，类下设款，具体包括：工资福利支出、商品和服务支出、对个人和家庭的补助、对企事业单位的补贴、转移性支出、赠与、债务利息支出、债务还本支出、基本建设支出、其他资本性支出、贷款转贷及产权参股和其他支出。
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