一、废旧物资回收经营单位未能严格执行税收财务制度，会计核算不健全。根据财政部财会字[1995]6号文件“关于减免和返还流转税的会计处理规定”第二条规定，国税发[2004]60号文件第三条规定，国税发[2005]24号文件第四条规定，国税函[2005]544号文件第六条规定，废旧物资回收经营单位应建立、健全会计核算制度，按照有关规定设置核算科目，对于直接减免的增值税，借记“应交税金应交增值税”科目，应增设“补贴收入”科目，凡不具备条件的，一律不得享受增值税优惠政策。但从调查了解的情况来看一般纳税人企业有四户，其余的十八户属小规模纳税人，有近二十户未设置销项税金、应交税金帐簿，一般纳税人企业未进行应交增值税的核算，这样就形成了废旧物资回收经营单位的销售收入成为含税收入，同税收核算的会计收入口径形成差异，从而影响税收核算；另一方面由于不按规定进行应税项目与免税项目分别核算，造成有些增值税应税项目不能正确反映，影响增值税的管理和征收。在调查中就发现某废旧物资回收企业在核算中就如上述所存在的问题相同，未按规定对免税项目设置相应的科目进行核算，造成本应交增值税项目的，反而以营业税项目开具地税发票缴了营业税。
二、发票开具混乱，不能严格按规定开具。由于国家对废旧物资回收单位销售的废旧物资免征增值税，因此废旧物资回收单位销售货物时开具发票的货物价格、数量与自己应纳税额无直接联系，这样废旧物资回收单位在开具货物销售发票时存在着很大的随意性，购货方需要开多少发票，完全是自己说了算，一些废旧物资回收单位为了能提高货物价格、从购货方拿到好处费，他们可根据购货方的意图随意开具普通发票。为购货方虚增购货数量、扩大进项税抵扣金额、偷逃增值税提供了便利。收购发票是废旧物资回收经营单位用于收购废旧物资的唯一凭证，按规定票据开具有很严格的要求，但废旧物资回收经营单位在开具时随意性很大，将收购人开成本单位的员工，最高金额一年中就高达六、七百万元，造成收购业务的真实性无从落实。如某回收企业对销售方不愿提供具体内容的，就将收购发票开成自己的名号，一年中多达几百万元。
三、废旧物资回收企业购货时缺乏原始凭证，收购的数量和价格缺乏真实性。根据现行税收政策规定，回收单位在收购货物时可以自己开具收购发票，开具收购发票也存在很大的随意性，因此购货数量、单价的多少也是自己说了算，一些废旧物资企业为了达到既能虚增销货数量和单价，又能逃避税务机关检查的目的，他们有意虚增收购货物数量和价格，以保证与销售货物数量基本持平，使自己虚开废旧物资销售发票的行为真假难辨。
六、税收管理不到位，由于是免税企业，国税机关对其日常管理不严，造成收购发票使用严重不规范，按照《关于印发<经营废旧物资增值税征收管理办法（暂行）>的通知》（省国税局（1998）第19号）规定收购发票可根据仓库的磅码单或进库凭证、收货凭证（或称收购单、调拨单）开具，并将磅码单及付款凭证等原始凭证附列在后。必须顺号使用，对出售人地址、身份证号码、开票人等内容必须填写齐全，字迹清楚，内容真实，并有出售人签字。而有的废旧物资经营企业收购发票、销售发票跨区域填开，大笔的外购外销业务中，货物未入库，收购企业使用本地的收购发票做入库，再用商业销售发票开具做销售。根本无法准确核算经营情况。
七、虚开发票疑点明显，关联企业之间虚开发票调节税收负担，相应的就出现了帐面上大额现金交易的假收支，几十万的现金交易十分常见，逃开了银行结算体系的监控。有个别废旧物资回收企业以销定购，库存为零，很不符合经营逻辑。
对此，我们认为，要加强废旧物资经营企业管理，建议加强以下方面的工作措施：
一、制定统一规范的《废旧物资销售发票和废旧物资收购发票管理办法》。对纳税人、纳税行为、纳税地点、免税货物范围、废旧物资经营性单位免税资格认定、虚开代开应该承担的法律责任、基层税务机关的征管操作程序和操作行为等进行明确、规范，遏制纳税人的虚开代开行为，避免国家税收流失。
二、实行废旧物资回收单位在收购环节代征上一环节税款制度。由于销售废旧物资的个体经营者比较分散，销售工业下脚料的企业又不愿意开具普通发票，为了便于管理，减少税收的流失，主管税务机关可以结合所属企业实际情况，委托废旧物资回收单位在收购环节代征上一环节税款。国税机关应当按照《税收征管法》的规定和要求，与废旧物资回收单位签订《委托代征税款协议》，颁发《委托代征证书》，并监督指导废旧物资回收单位建立《大宗废旧物资供货业务登记簿》和《委托代征税款登记簿》。废旧物资回收单位自行开具收购发票给销售方时，应在开具的发票备注栏内准确注明代征税额，并及时登记《委托代征税款登记簿》。
三、基层税务机关应建立对废旧物资回收单位和利用废旧物资的一般纳税人实地监控评估机制。对收购额或销售额变动异常、开票量或购销支付异常的单位进行重点核查，并建立相应的核查纪录。对指标异常企业及时约谈举证，企业无法做出合理解释且其供货人（收款人）不能出具供货证明的，主管国税机关应首先暂停供应发票，收回现有结存发票等重要资料，并及时移交稽查部门处理。经查实确有虚开废旧物资发票行为的，除依法处罚外，立即取消其免税资格。
四、规范企业财务制度。严格出、入库等会计手续，严格所得税的核算管理，对不符合财务制度、不符合税法规定的帐务处理不予认可，不予列支有关、成本费用，视同没有发生。与银行系统一道，强化对现金交易的监督，对大额现金划拨一律通过银行转帐。同时设置一定现金交易限额，超过部分必须及时告知税务机关。健全核算科目，明确核算内容，对不健全又不完善的取销免税资格。
五、建立价格与数量备案制度。关联企业之间的销售价格、收购数量要报送主管税务机关备案，以此来遏制假销售的发生，防止关联企业利用价格、进项发票进行偷逃税。