专项应付款是指企业的专项资金对外发生的各种应付和暂收款项；而政府补助是指企业从政府无偿取得货币性资产或非货币性资产，但不包括政府作为企业所有者投入的资本。两者区别在于：
1、性质有所不同
在专项应付款中核算的政府拨入资金属于所有者投入的资本，而政府补助准则所适用的是政府无偿给予的资产，这是两者的根本区别。
2、形式有所不同
专项应付款是核算企业取得政府作为企业所有者投入的具有专项用途的资金，一般均为收到的政府拨入的货币资金。而政府补助是企业从政府无偿取得的资金或非货币性资产，可以是以货币资金投入的财政拨款，也可以是政府无偿给予企业的长期非货币性资产，比如：先征后返、即征即退的税款行，政划拨的土地使用权、天然起源的天然林等，也可以包括政府贴息或其他实物资产的拨入等。
3、会计核算不同
专项应付款是什么科目
专项应付款在会计实务中指的是“专项应付款”会计科目，属于“非流动负债”科目。借记“专项应付款”科目，表示支付各项应付、暂收款；贷记“专项应付款”科目，表示专项应付款或专项暂收款的发生。贷方余额为专项应付款实有数。
政府补助计入什么科目
政府补助计入递延收益科目。
递延收益是指尚待确认的收入或收益，也可以说是暂时未确认的收益，它是权责发生制在收益确认上的运用。本科目是负债类科目，应当按照政府补助的种类进行明细核算。
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