对于因犯罪嫌疑人死亡撤销案件后冻结、扣押的款物如何处理，刑事诉讼法没有作出明确规定。《最高人民法院、最高人民检察院、公安部、国家安全部、司法部、全国人大常委会法制工作委员会关于<中华人民共和国刑事诉讼法>实施中若干问题的规定》(以下简称“六部门规定”)，仅对因犯罪嫌疑人死亡撤销案件后冻结款项的处理作出了规定，但没有涉及扣押的款物的处理。因而审前阶段因犯罪嫌疑人死亡撤销案件后的冻结、扣押款物的处理已成为司法实践中亟待解决的问题。
(一)冻结款项处理的规定
对因犯罪嫌疑人死亡撤销案件后冻结款项的处理，“六部门规定”第十九条规定，人民检察院、公安机关不能扣划存款、汇款，对于在侦查、审查起诉中犯罪嫌疑人死亡，对犯罪嫌疑人的存款、汇款应当依法予以没收或者返还被害人的，可以申请人民法院裁定通知冻结犯罪嫌疑人存款、汇款的金融机构上缴国库或者返还被害人。在此规定精神下，《人民检察院刑事诉讼规则》第二百三十九条、《人民检察院扣押、冻结款物工作规定》第二十六条、《公安机关办理刑事案件程序规定》第二百三十一条均规定犯罪嫌疑人死亡的，冻结款项的处理由检察机关、公安机关申请人民法院裁定。《最高人民法院关于执行<中华人民共和国刑事诉讼法>若干问题的解释》(以下简称最高法解释)第二百九十四条规定，对人民检察院、公安机关因犯罪嫌疑人死亡，申请人民法院裁定通知冻结犯罪嫌疑人存款、汇款等的金融机构，将该犯罪嫌疑人的存款、汇款等上缴国库或者返还被害人的案件，人民法院应当经过阅卷、审查有关证据材料后作出裁定。
(二)扣押物品处理的规定
对于犯罪嫌疑人死亡后被扣押物品的处理，只在《人民检察院刑事诉讼规则》第二百三十九条有所规定，即对扣押在人民检察院的犯罪嫌疑人的违法所得需要没收的，应当提出检察建议，移送有关主管机关处理;需要返还被害人的，直接决定返还被害人。
二、进一步规范冻结款项的处理程序
从上述规定来看，对于冻结款项的处理目前虽有规定，但在具体操作上尚需进一步完善。亟须解决以下问题:
1.关于有管辖权法院的确定
因犯罪嫌疑人死亡而撤销案件，尚处在侦查程序，依据刑事诉讼法的有关规定，公安机关、检察院按管辖范围立案侦查的刑事案件，不完全受地域管辖的限制。一是刑事诉讼法对立案侦查没有明确的地域管辖的规定;二是从这两个机关的上下级关系来看，均是领导关系，因而上级公安机关、检察院对下级公安机关、检察院分别具有领导权，对于职能管辖范围内的刑事案件，上级机关可以根据案件的性质与侦查工作的需要，指定有关机关立案侦查。刑事诉讼法关于地域管辖的规定针对的是审判管辖。因而公安机关或是检察机关按照上级指定管辖的案件，按照刑事诉讼法第一百二十九条规定侦查终结后移送同级检察机关审查决定。依据刑事诉讼法第一百四十一条规定，检察机关因指定管辖而提起的公诉案件，受审判管辖的地域管辖所限定，只能向犯罪地或被告人住所地的法院移送。综上，在侦查阶段，侦查机关的立案侦查活动不一定对应审判中的地域管辖，因而在处理冻结款项程序中，应明确规定有管辖权的法院，笔者建议应由与侦查机关同级的法院审查撤销案件后冻结款项处理。
2.有关期间的规定
三、进一步规范扣押物品处理程序
1.关于检察意见与检察建议
关于扣押物品的处理，在刑事诉讼法第一百四十一条关于不起诉案件中扣押物品的处理用的是“检察意见”，而《人民检察院刑事诉讼规则》关于因嫌疑人死亡撤销案件中扣押物品的处理用的是“检察建议”。关于检察意见和检察建议，在最高人民检察院制定的《人民检察院法律文书格式》一书中，其指出检察意见书是依据刑事诉讼法第一百四十二条第三款和其他有关法律规定制作。检察建议为人民检察院在办案过程中，对有关单位在管理上存在的问题和漏洞，为建章立制，加强管理，以及认为应当追究有关当事人的党纪、政纪责任的，向有关单位正式提出检察建议时使用。笔者认为同为扣押物品的处理，却因处理物品的原因不同出具不同的法律文书有不妥之处。而且从检察建议本身来看，其也无法包含处理扣押物品的内容。