由银保监会的"三定"(定职能、定内设机构和定编制)方案来看，原银监会有28个内设部门，原保监会有15个内设部门。经过调整后，银保监会最终形成"26+1"的部门设置安排，即26个监管职能部门和1个机关党委。中国银保监会机关事业编制925名，主席1名，副主席4名，司局级领导职数107名(含机关党委专职副书记1名，机关纪委书记1名，首席风险官、首席检查官、首席律师和首席会计师各1名)。总编制人数比此前在编的1050人减少约12%。
银保监会设下列内设机构及每个机构的具体职能如下：
(一)办公厅(党委办公室)。负责机关日常运转，承担信息、安全、保密、信访、政务公开、信息化、新闻宣传等工作。
(二)政策研究局。承担银行业和保险业改革开放政策研究与组织实施具体工作。对国内外经济金融形势、国际银行保险监管改革及发展趋势、监管方法和运行机制等开展系统性研究，提出银行业和保险业监管政策建议。
(四)统计信息与风险监测部。承担银行业和保险业监管统计制度、监管报表的编制披露以及行业风险监测分析预警工作。承担信息化建设和信息安全以及银行业和保险业机构的信息科技风险监管工作。
(五)财务会计部(偿付能力监管部)。承担财务管理工作，负责编报系统年度财务预决算。建立偿付能力监管指标体系并监督实施。监管保险保障基金使用情况。
(八)银行机构检查局。拟订银行机构现场检查计划并组织实施。承担现场检查立项、实施和后评价。提出整改、采取监管措施和行政处罚的建议。
(九)非银行机构检查局。拟订保险、信托和其他非银行金融机构等现场检查计划并组织实施。承担现场检查立项、实施和后评价。提出整改、采取监管措施和行政处罚的建议。
(十)重大风险事件与案件处置局(银行业与保险业安全保卫局)。拟订银行业和保险业机构违法违规案件调查规则。组织协调银行业和保险业重大、跨区域风险事件和违法违规案件的调查处理。指导、检查银行业和保险业机构的安全保卫工作。
(十二)消费者权益保护局。研究拟订银行业和保险业消费者权益保护的总体规划和实施办法。调查处理损害消费者权益案件，组织办理消费者投诉。开展宣传教育工作。
(十四)政策性银行监管部。承担政策性银行和开发性银行的准入管理。开展非现场监测、风险分析和监管评级，根据风险监管需要开展现场调查。提出个案风险监控处置和市场退出措施并承担组织实施具体工作。
(十五)国有控股大型商业银行监管部。承担国有控股大型商业银行的准入管理。开展非现场监测、风险分析和监管评级，根据风险监管需要开展现场调查。提出个案风险监控处置和市场退出措施并承担组织实施具体工作。
(十六)全国性股份制商业银行监管部。承担全国股份制商业银行的准入管理。开展非现场监测、风险分析和监管评级，根据风险监管需要开展现场调查。提出个案风险监控处置和市场退出措施并承担组织实施具体工作。
(十七)城市商业银行监管部。承担城市商业银行、民营银行的准入管理。开展非现场监测、风险分析和监管评级，根据风险监管需要开展现场调查。提出个案风险监控处置和市场退出措施并承担组织实施具体工作。
(十八)农村中小银行机构监管部。承担农村中小银行机构的准入管理。开展非现场监测、风险分析和监管评级，根据风险监管需要开展现场调查。提出个案风险监控处置和市场退出措施并承担组织实施具体工作。
(二十)财产保险监管部(再保险监管部)。承担财产保险、再保险机构的准入管理。开展非现场监测、风险分析和监管评级，根据风险监管需要开展现场调查。提出个案风险监控处置和市场退出措施并承担组织实施具体工作。
(二十一)人身保险监管部。承担人身保险机构的准入管理。开展非现场监测、风险分析和监管评级，根据风险监管需要开展现场调查。提出个案风险监控处置和市场退出措施并承担组织实施具体工作。
(二十二)保险中介监管部。承担保险中介机构的准入管理。制定保险中介从业人员行为规范和从业要求。检查规范保险中介机构的市场行为，查处违法违规行为。
(二十三)保险资金运用监管部。承担建立保险资金运用风险评价、预警和监控体系的具体工作。承担保险资金运用机构的准入管理。开展非现场监测、风险分析和监管评级，根据风险监管需要开展现场调查。提出个案风险监控处置和市场退出措施并承担组织实施具体工作。
(二十四)信托监管部。承担信托机构准入管理。开展非现场监测、风险分析和监管评级，根据风险监管需要开展现场调查。提出个案风险监控处置和市场退出措施并承担组织实施具体工作。指导信托业保障基金经营管理。
(二十五)其他非银行金融机构监管部。承担金融资产管理公司、企业集团财务公司、金融租赁公司、汽车金融公司、消费金融公司、货币经纪公司等机构准入管理。开展非现场监测、风险分析和监管评级，根据风险监管需要开展现场调查。提出个案风险监控处置和市场退出措施并承担组织实施具体工作。
(二十六)人事部(党委组织部)。承担机关、派出机构和直属单位的干部人事、机构编制、劳动工资和教育工作。指导行业人才队伍建设工作。指导系统党的组织建设和党员教育管理。
机关党委(党委宣传部)。负责机关和在京直属单位的党群工作，负责系统党的思想建设和宣传工作。