有些宝石由古代生物和现代生物作用所形成的符合宝石工艺要求的有机矿物或有机宝石。是来自于含有有机材料，称为有机宝石，皆由动物、植物、生物所衍生的。
天然有机宝石高压温馨、光彩迷人。市场上常见的如珍珠、琥珀、象牙等。养殖珍珠(简称“珍珠”)虽然有部分人工因素，但养殖过程与天然相似，故也归于天然一类。
例如：珍珠（来自贝壳），珊瑚（来自珊瑚虫骸骨遗物所形成），琥珀（来自树脂的化石），煤玉（来自木材的化石），象牙（又分现代象和猛玛象），砗磲（来自海螺的化石），龟甲（来自海龟的壳），动物的化石等。
有机珍宝，如珍珠、珊瑚、琥珀、煤玉、象牙、砗磲等皆来自于有生命、生物的材料。
天然有机宝石(naturalorganicsubstances)：由自然界生物生成，部分或全部由有机物质组成可用于装饰的固体为天然有机宝石。
定名规则：
（2）养殖珍珠可简称为“珍珠”，海水养殖珍珠可简称为“海水珍珠”，淡水养殖珍珠可简称为“淡水珍珠”
（3）不以产地修饰天然有机宝石名称，如：“波罗的海琥珀”。
宝石的鉴定一般可以分为原石和成品两大类。
对于原石的鉴定，又可以分为野外鉴定和室内鉴定。野外鉴定多数采用放大镜和小刀等简单工具，用以初步对宝石矿物进行定名。室内鉴定主要是利用各种手段和仪器，进一步测定宝石矿物的数据，为鉴别宝石提供重要依据。
对于宝石成品的鉴定，必须是在不破坏宝石完整性的前提下去鉴别所测定的宝石。
常用的、易于掌握的宝石鉴定仪器有以下几种：
1．笔式聚光手电：用来观察浓色宝石的透明度。聚光手电的电珠应凹于笔头面，不能凸出笔头面，否则不便于观察。
2．放大镜：是宝石放大观察的仪器之一。最常用的是10倍放大镜，还有20、30倍的几种。放大镜是宝石专家的关键工具和必备之物，便于携带。可用它来鉴定宝石的品种和真伪。用放大镜可以观察：（1）宝石的表面损伤、划痕、缺陷。（2）琢型质量。（3）抛光的质量。（4）宝石内部的缺陷、包裹体。（5）颜色的分布和生长线等。鉴定时，应将宝石置于离10倍放大镜约2.5厘米的强光之下，慢慢调节距离，直到看清楚为止。选择放大镜的质量也很重要，质量差者在放大时将产生图形畸变。
4．折光仪：折光率是透明宝石重要的光学常数，是鉴定宝石品种的主要依据。测折光率的方法主要有两种：一种是直接测量法，用折光仪测量；另一种是相对测量法，用液体浸没法。折光仪是根据光的全反射的原理制造的。常用的折光仪只适用于折光率为1.36-1.81范围内的宝石。宝玉石的折光率（N）的计算方法为光在空气中的传播速度（V1）与在宝石中的传播速度（V2）之比为一个常数，即N=V1/V2。均质体宝石，光在其中传播，传播速度不变，折光率相等，称之为单折光率。非均质体宝石，在折光仪中有两个读数，最大、最小折光率值之间的差值，称之为双折光率。折光仪是宝石学家最常使用的仪器之一，它的体积小，使用方便。他既可以测试刻面宝石的折光率，还可以用点测法测出弧面宝石的折光率。
6．宝石显微镜：宝石放大观察的一种重要的仪器。它能够检测10倍放大镜不能清晰地确认或观测到宝石外部和内部特征。宝石显微镜可以观察宝石内部的包裹体、解理、双晶纹、生长线、色带；观察宝石的磨工、抛光度和意外损伤；鉴别拼合宝石二层石、三层石。宝石显微镜的结构合理，辅助设备齐全，放大倍数可变幅度较大，一般是10至70倍。宝石显微镜有两种光源，一般用底灯观察宝石的内部缺陷，如包裹体、裂隙等；用反射灯观察宝石的表面特征，如断口、色带、解理面等。宝石显微镜是精密仪器，要严格按操作规则使用。
8．偏光器：是使平面偏振光垂直相交，光线通不过的原理制造的一种简单的光学仪器。偏振器是由两个震动方向垂直的偏光片、支架和底部照明灯组成。用以检测宝石的光性（是均质体还是非均质体）和多色性。在打开照明灯的偏光器中，转动观察宝石样品的明暗变化情况。
（2）如果样品全黑，没有明暗变化，将样品变换一个角度继续观察，如果仍然无明暗变化，样品属均质体。属均质体的宝石有等轴晶系和非晶质宝石。
（3）如果转动宝石360°时，宝石样品发生四次明暗变化，这表明样品为非均质体。属非均质体的宝石有四方、六方、三方、斜方、单斜、三斜晶系中的宝石。
（4）如果样品在正交偏光下转动时，可看到灰暗的蛇纹状、网格状或不规则的现象，则可能是均质体宝石所呈现的异常干涉色，此时应十分注意。利用偏光器，还可以检测宝石的多色性，能够验证宝石的非均质性和均质性。
此外，常用的宝石鉴定仪器还有吸收光谱摄谱仪、荧光灯、X射线衍射仪、电子探针等。
珍珠
珊瑚
琥珀
易熔化，怕热，怕曝晒，琥珀制品应避免太阳直接照射，不宜放在高温的地方；琥珀易脱水，过分干燥易产生裂纹；琥珀属有机质，易溶于有机溶剂，如指甲油、酒精、汽油、煤油、重液中，不宜放入化妆柜中；琥珀性脆，硬度低，不宜受外力撞击，应避免磨擦、刻划，防止划伤、破碎。古罗马的妇女，有将宝石拿在手中的习惯，其原因是在手掌的温度下，琥珀受热能发出一种淡淡的优雅的芳香。古罗马人赋予琥珀极高的价值，一个琥珀刻成的小雕像比一名健壮的奴隶价值都高。琥珀还能够消痛镇惊，有的地方常给小孩胸前挂一串琥珀，以此驱邪镇惊。
象牙
象牙有药用价值。象牙为大象身上最坚固的部分，大多用来做雕刻品、首饰等；也有加工成筷子、台球、钢琴键等。是一种非常昂贵的原材料。象牙是柬埔寨赠送的国礼，通高1.34厘米。象牙制品平时可置于软囊盒中，放上防蛀药块；置放环境应尽可能保持恒温；象牙制品对湿度的变化尤其敏感，因为其不仅自身含有一定量的水分，而且还具有吸水性，会随环境的改变而吸收或释放水分，体积也会随之膨胀或收缩，因此存放象牙制品时周围环境的相对湿度应维持在55%至60%；简单的做法是在其附近常置放一杯清水，不可以放在有风的地方。象牙制品表面沾上的灰尘，可用毛刷刷除，但若沾上油渍或顽固性污垢，则需要用温肥皂水轻轻刷洗，洗后及时擦干，以防器物翘起或张开。
砗磲
也叫车渠，蛤类的一种，是分布于印度洋和西太平洋的一类大型海产双壳类。世界上报道的只有6种，都生活在热带海域的珊瑚礁环境中。中国的台湾海南、西沙群岛及其它南海岛屿也有这类动物分布。它们的贝壳大而厚，壳面很粗糙，具有隆起的放射肋纹和肋间沟，有的种类肋上长有粗大的鳞片。最大型双壳类，长可达1米，寿命达80-100年。
煤玉
玳瑁
玳瑁，脊椎动物，爬行纲，海龟科。一般长约0.6米，大者可达1.6米。头顶有两对前额鳞，上颌钩曲。背面的角质板覆瓦状排列，表面光滑，具褐色和淡黄色相间的花纹。四肢呈鳍足状。尾短小，通常不露出甲外。性强暴，以鱼、软体动物、海藻为食。产于黄海、南海、东海及热带、亚热带沿海。卵可食；角质板可制眼镜框或装饰品；甲片可入药。为国家二级保护动物。