合作建房的方式一般有两种：第一种方式是纯粹的“以物易物”，即双方以各自拥有的土地使用权和房屋所有权相互交换。具体的交换方式也有以下两种：
（一）土地使用权和房屋所有权相互交换，双方都取得了拥有部分房屋的所有权。在这一合作过程中，甲方以转让部分土地使用权为代价，换取部分房屋的所有权，发生了转让土地使用权的行为；乙方则以转让部分房屋的所有权为代价，换取部分土地的使用权，发生了销售不动产的行为。因而合作建房的双方都发生了营业税的应税行为。对甲方应按“转让无形资产”税目中的“转让土地使用权”子目征税；对乙方应按“销售不动”税目征税。由于双方没有进行货币结算，因此应当按照实施细则第十五条的规定分别核定双方各自的营业额。如果合作建房的双方（或任何一方）将分得的房屋销售出去，则又发生了销售不动产行为，应对其销售收入再按“销售不动产”税目征收营业税。
（二）以出租土地使用权为代价换取房屋所有权。例如，甲方将土地使用权出租给乙方若干年，乙方投资在该土地上建造建筑物并使用，租赁期满后，乙方将土地使用权连同所建的建筑物归还甲方。在这一经营过程中，乙方是以建筑物为代价换得若干年的土地使用权，甲方是以出租土地使用权为代价换取建筑物。甲方发生了出租土地使用权的行为，对其按“服务业-租赁业”征营业税；乙方发生了销售不动产的行为，对其按“销售不动产”税目征营业税。对双方分别征税时，其营业额也按税暂行条例实施细则第十五条的规定核定。
甲方：
乙方：
（一）甲乙双方共同投资，购买一套位于的房产，房产总价款万元人民币。
（二）出资金额、出资比例
甲方出资元人民币，占%;
乙方出资元人民币，占%。
（三）产权比例
甲方享有共同所购物业%的产权。乙方享有共同所购物业%的产权。
（四）物业考察、购买
甲乙双方共同对拟购房产进行实际考察、了解。
委托人有权监督和过问委托事项的办理情况和进展情况，受托人应按委托人的要求报告受托事项的办理情况和进展情况，如有重要情况应及时向委托人报告或通知。
（六）房地产权证署名、办理、保管
所购物业的所有权凭证要依法载明共有比例情况，即甲方享有%、乙方享有%的房屋产权，房地产权证由乙方依法办理并由乙方妥善保管。
（七）物业装饰装修由方负责办理，所需费用甲方承担%，乙方承担%。
（八）物业管理、出租及收益分配比例由方负责所购房产的管护、维护、出租、收取房屋租金等物业管理事务，
（九）购置物业税费承担
（十）物权行使
（十一）物业出卖及优先购买权行使
（十二）甲乙双方以按揭贷款的方式购买物业，具体约定如下：
1、购房首付款元（包括定金）人民币（房款总价款的%）由甲方付%、乙方付%，并以现金支付;
2、主贷人为乙方先生;
3、按揭贷款的期限为年;
4、由甲乙双方每月向贷款银行偿还贷款本息，甲方承担%、乙方承担%;房产出租后，以房屋租金每月向贷款银行偿还贷款本息，不足部分由甲乙双方按照投资比例支付。
（十三）甲乙双方所购房产的实际产权由甲乙双方按本协议约定共有，所有权由双方共同行使。
（十四）适用法律
本协议适用中华人民共和国法律。
（十五）本协议变更或解除
1、甲乙双方协商一致，可以变更或解除本协议;
3、未经甲乙双方协商一致，本协议不得变更或解除;
（十六）争议解决办法
凡涉及本协议的生效、履行、解释等而产生的争议，先由甲乙双方协商解决，如十五日内协商无果，双方均可向有管辖权的人民法院提起诉讼。
（十七）违约责任：
甲乙双方均应严格信守本协议，不得违约，如有违约，违约方应向守约方赔偿因违约方违约而遭受的一切经济损失。
（十八）本协议未尽事宜，由甲乙双方另行协商，并签署书面文件。
（十九）本协议正本一式六份，甲方贰份，乙方贰份，律师事务所保存贰份，各份具有同等法律效力。
（二十）本协议自甲乙双方签字盖章之日起生效。
甲方：乙方：
住址：住址：
身份证号：身份证号：
按现行法律规定：市民和农民签订协议，在宅基地上合作建房，这样的协议违法无效。
（一）土地管理法的规定，城镇居民不能到农村购买宅基地建设房子。另外根据我国合同法的规定，违反国家法律强制性规定的合同无效。
（二）合作建房协议书无效，产生的损失应根据各自过错的程度予以分担。由于签订合同时，双方均知晓合同项下地块的性质是农村集体土地，因此双方对于合同无效负有同等的过错，原则上，损失应由双方平均分摊。
（三）法院的认定：无论双方所签订的合同文书形式如何，本质上是违反法律规定的，属于试图以合法形式来掩盖购买村民宅基地的非法目的，不能得到法院支持的。