首先看企业不能通过认定的几种可能问题
2、研发费用日常做帐不规范，被税务抽查后提供不出有效的证明；
3、总收入中，贸易性质产品的收入占比较大；
4、专项审计时从成本中挖掘研发费；
5、网上申报时，企业提供的证明附件材料不充分；
6、企业近三年发生税务处罚、重大安全、重大质量事故或严重环境违法行为。
申报前做好哪些准备
1.申报高企我们要查阅哪些政府文件
仔细研读《高新技术企业认定管理办法》（国科发火〔2016〕32号）《高新技术企业认定管理工作指引》（国科发火〔2016〕195号）是重中之重，任何脱离认定管理办法和管理工作指引的政策解读当然都是靠不住的。
2.仔细研读以上两文件后，进行企业自查
3.进行高新技术企业申报规划
（1）设立研发机构
注意：研发人员的确定要符合高企认定条件中对研发人员的属性、比例要求。贵公司在2017年开始工资表及公司组织架构里面都体现出研发部门。
（2）研究开发项目立项
（3）研究开发项目备案
（4）研发费用核算
研发费用核算是指财务部门根据研发机构的研发项目按月对企业发生的各项费用进行核算，并在各项目间进行分配。准确核算研发费用是建立企业高新技术研发体系的关键之一，是准确申报技术开发费加计扣除和申请享受高新技术企业所得税优惠的必备条件。无法准确核算企业的研发费用，既使获取了高新技术企业认定，也无法享受税收优惠。
（5）研发设备管理
（6）知识产权申报
知识产权申报是指技术部门要根据企业研发项目的立项情况及时申报企业的知识产权。知识产权是证明企业研发活动具体高新技术企业特征的重要材料，也是企业研发成果的重要体现，是企业高新技术企业申报和复审的必备条件。
注意：知识产权申报要符合高企认定对知识产权的技术先进程度、核心支撑作用、数量、获得方式等评价要求。
（7）科技成果转化证明材料及高新技术产品申报的准备
（8）高新技术产品收入核算、软件产品登记
高新产品收入核算是指财务部门应当逐步分类核算高品和非高品的收入，根据高新技术产品类别分类核算各项高新技术产品收入，注意发票名称应当与高品名称一致，如无法保持一致的，至少在发票上模糊开票，附件清单里注明是哪一类高品收入，以方便财务核算和税务审核。
特别是对于有软件产品销售的企业，要及时申请软件产品登记（提供软件著作权证书、软件产品检测报告等）。增值税一般纳税人销售其自行开发生产的软件产品，按17％的法定税率征收增值税后，对其增值税实际税负超过3％的部分实行即征即退政策。
（9）研究开发组织管理的建立
根据企业实际及研发机构建立情况，及时建立与高校的产学研合作项目（签订产学研合作协议）、企业内部研究开发费用核算制度、企业研究开发人员绩效管理制度
4.知识产权准备是重中之重
5.做好研发加计扣除以免后顾之忧
（1）重点抽查，一票否决
<1>从2016年开始，高企材料上交后，税务部门加大了对没有做过加计扣除的企业重点稽查，在需企业提供专项审计研发费用与汇算清缴的研发费金额不一致的情况说明外，还要对企业的研发费用明细帐进行审核，甚至到企业进行实地帐务核实。
<2>对专项审计从生产成本中列支研发费的企业，税务部门对高企评审具有一票否决权。
<3>企业的年度报表，若管理费用下对研发费用有单独列支，建议要达到高企对研发费占销售收入的比例要求。
（2）追溯3年
企业符合研发费用加计扣除条件而在2016年1月1日以后未及时享受该项税收优惠的，可以追溯享受并履行备案手续，追溯期限最长为3年。也就是说，2018年拟申报高新的企业，如果前三年研发费用加计扣除没做的，则在2017年年度汇算清缴前可以做三年追溯。
[解读一]对政策文件源的把握和理解
由于所有关于高新技术企业所得税的优惠政策，均依据于企业所得税法的有关规定，所以我们应该从企业所得税法及其实施条例有关对高新技术企业的规定的条款入读。
企业所得税法是这样规定的：高新技术企业是指拥有核心自主知识产权，并同时符合下列条件的企业：
1、产品（服务）属于《国家重点支持的高新技术领域》规定的范围；
2、研究开发费用占销售收入的比例不低于规定比例；
3、高新技术产品（服务）收入占企业总收入的比例不低于规定比例；
4、科技人员占企业职工总数的比例不低于规定比例；
而上述三项核心政策，在实践工作中，多数企业感到第4项政策，即“科技人员占企业职工总数的比例不低于规定比例”这一项，在制造业中是难点，只要突破了这一难点，其他几项比较容易达成政策所要求的条件要素。
[解读二]正确理解政策导向，把握政策核心要点，创造条件，争取税收优惠。
高新技术企业的优惠政策是中央促进技术进步、加快产业结构调整，以创新驱动发展战略的有机组成部分，在新的经济环境下，其政策导向是十分明确的，即坚持高新导向，突出支持企业创新发展的政策定位；坚持与时俱进，将战略性新兴产业、现代服务业和新业态纳入支持范围；坚持扶持“双创”、加大对科技型中小企业的支持力度，适当放宽对中小企业的认定条件，助力大众创业、万众创新；坚持放管结合，简化和优化认定管理流程。
理解了政策精神和政策导向，还要把握政策的核心，高新技术企业政策的核心就是高新技术企业的八项条件。
（新增三项条件是对企业所得税法第5项条件的扩展），八项条件中三个比例要求是核心要点（与企业所得税法中的三项核心条件相同），八项条件是：
1、企业申请认定时须注册成立一年以上；
2、企业通过自主研发、受让、受赠、并购等方式，获得对其主要产品（服务）在技术上发挥核心支持作用的知识产权的所有权；
3、对企业主要产品（服务）发挥核心支持作用的技术属于《国家重点支持的高新技术领域》规定的范围；
<1>最近一年销售收入小于5,000万元（含）的企业，比例不低于5%；<2>最近一年销售收入在5,000万元至2亿元（含）的企业，比例不低于4%；<3>最近一年销售收入在2亿元以上的企业，比例不低于3%。
其中，企业在中国境内发生的研究开发费用总额占全部研究开发费用总额的比例不低于60%；
6、近一年高新技术产品（服务）收入占企业同期总收入的比例不低于60%；
7、企业创新能力评价应达到相应要求；
8、企业申请认定前一年内未发生重大安全、重大质量事故或严重环境违法行为。
在掌握了高新技术企业的政策条件后，我们还要熟悉高新技术企业的认定程序，认定程序大致如下：
企业提出书面申请。在“高新技术企业认定管理工作网”注册登记，向认定机构提出认定申请。申请时提交下列材料：
1.高新技术企业认定申请书；
5.企业职工和科技人员情况说明材料；
6.经具有资质的中介机构出具的企业近三个会计年度研究开发费用和近一个会计年度高新技术产品（服务）收入专项审计或鉴证报告，并附研究开发活动说明材料；
7.经具有资质的中介机构鉴证的企业近三个会计年度的财务会计报告（包括会计报表、会计报表附注和财务情况说明书）；
8.近三个会计年度企业所得税年度纳税申报表。
企业申报的资料经专家评审通过后，即由财政、税务、科技三部门组成的认定管理小组确认并公示。
[解读三]已经取得高新技术的企业如何做好后续工作，确保优惠政策长期延续。
高新技术企业，每年5月底前应在“高新技术企业认定管理工作网”填报上一年度知识产权、科技人员、研发费用、经营收入等年度发展情况报表。
高新技术企业发生与认定条件有关的重大变化（如分立、合并、重组以及经营业务发生变化等）应在三个月内向认定机构报告。
这里要特别注意的是，高新技术企业有下列行为之一的，认定机构将取消其高新技术企业资格：
1、在申请认定过程中存在严重弄虚作假行为的；
2、发生重大安全、重大质量事故或有严重环境违法行为的；
3、未按期报告与认定条件有关重大变化情况，或累计两年未填报年度发展情况报表的。
3、符合技术开发、新产品研发范围的各项支出的核算和统计资料。
一站式服务平台
做您企业身边的咨询管理顾问师
ITSS信息技术服务
深圳方圆盛世企业咨询管理有限公司
总部地址：
广东省深圳市罗湖区建设路2016号南方证券大厦B座8层
www.fyss.com.cn
总部地址：中国·广东·深圳罗湖区建设路2016号南方证券大厦B座8层