土地增值税计算方式比较复杂，其应税收入、扣除项目的确定会同时涉及到增值税、契税、印花税、城建税与教育费附加等其他税费的处理，本文以案例形式进行简单探讨，案例中引用的政策附在文后。
一、涉及增值税的案例处理
案例1：A房地产公司销售一套房屋，含税销售收入为1110万，假设A公司适用增值税简易计税方式，则A公司的土地增值税应税收入为？
解析：根据总局2016年70号公告第一条规定：土地增值税应税收入=不含增值税应纳税额=1110/（1+5%）=1057.14万。
案例2：A房地产公司销售一套房屋，含税销售收入为1110万，假设对应的地价款为400万，A公司适用增值税一般计税方式，则A公司的土地增值税应税收入为？
解析：①增值税销项税额=（全部价款和价外费用-当期允许扣除的土地价款）÷（1+11%）×11%=（1110-400）/（1+11%）×11%=70.36万。
②根据总局2016年70号公告第一条规定：土地增值税应税收入=不含增值税销项税额=含税销售额-增值税销项税额=1110-70.36=1039.64万。
案例3：A房地产公司销售一套房屋，取得预售款1110万，则A公司预征土地增值税的计税依据如何确定？
解析：①增值税应预缴增值税税款=预售款÷（1+适用税率或征收率）×3%。
②根据总局2016年70号公告第一条规定：土地增值税预征的计税依据=预收款-应预缴增值税税款，如下表：
案例4：A房地产公司将自行开发的一套房产分配给股东，该套房产同期、同类的市场价格为1110万，A公司如何确定视同销售的土地增值税应税收入？此种情况的土地增值税应税收入是否含税？
案例5：A公司为增值税小规模纳税人，适用增值税简易计税方式，2010年购入一套二手房，购入价格为800万，2017年6月卖出，转让价格为1110万。则B公司转让该套二手房时，如何确定土地增值税应税收入？
解析：①增值税应纳税额=（1110-800）/（1+5%）×5%=14.76万。
②根据总局2016年70号公告第一条规定，土地增值税应税收入=不含增值税应纳税额=1110-14.76=1095.24万。
此种计算方式同样适合一般纳税人选择增值税简易征税方式时的情况。
案例6：A公司为增值税一般纳税人，适用增值税一般计税方式，2016年7月购入一套二手房，购入价格为800万，2017年6月卖出，转让价格为1110万，则A公司转让该套二手房时，如何确定土地增值税应税收入？
解析：①增值税销项税额=1110/（1+11%）×11%=110万。
②根据总局70号公告第一条，土地增值税应税收入=不含增值税销项税额=1110-110=1000万。
有人质疑，纳税人采用一般计税方式时，土地增值税应税收入应为不含增值税应纳税额，不应为不含增值税销项税额，因为此种规定会导致土地增值税应税收入变小（税前扣除了1/(1+11%)×11%=9.9%,而营业税时只扣除5%）。其实不然，考虑如下情况：假设A公司购入的二手房价格为1110万（购入成本1000万，增值税进项税金110万），卖出价格也为1110万（销售收入为1000万，销项税金为110万），此种情况增值税应纳税额=销项税额-进项税额=110-110=0万，如果土地增值税应税收入=不含增值税应纳税额=1110-0=1110万，而土地增值税扣除项目金额为1000万（进项税金可以在增值税销项税金中扣除，不作为土地增值税扣除项目金额），则A公司转让房产有增值需缴纳土地增值税，而实际情况是A公司为平价转让，并未取得增值，不需缴纳土地增值税。因此，总局70号公告对一般纳税人的土地增值税应税收入的规定是合理的。
案例7：A房地产公司购入建筑劳务，由于属于营改增过渡期间，假设取得建筑公司开具的不同发票，其中营业税发票1110万、增值税普通发票1110万、增值税专用发票1110万。则A公司在土地增值税清算时，如何确定土地增值税扣除项目金额？
①营业税发票对应的1110万，全部计入土地增值税扣除项目金额。原因：营业税发票不存在是否含增值税的情况，应全部作为建安成本。
②增值税普通发票对应的1110万，全部计入土地增值税扣除项目金额。原因：增值税普通发票对应的进项税额不得在A公司的增值税销项税额中扣除，且会计核算时，1110万全部计入建安成本，此时1110万应全部作为建安成本。
③增值税专用发票对应的1110万，以不含税的1000万计入土地增值税扣除项目金额。原因：增值税专用发票作为增值税抵扣凭证，其中的110万进项税额可以在A公司转让不动产缴纳的增值税销项税额中扣除，该110万进项税额不得重复作为土地增值税扣除项目金额（暂不考虑进项税额转出的情形）。
上述对不同发票的处理方式，同样适用于纳税人转让二手房，具体参考总局2016年70号公告第六条规定。
二、涉及契税的案例处理
案例8：A房地产公司受让土地使用权时取得土地出让金财政票据1000万、契税完税凭证30万，在确定土地增值税扣除项目时，契税如何处理？
解析：A公司缴纳的30万契税，可作为“取得土地使用权所支付的金额”一并列入土地增值税的扣除项目处理（参考〔国税发[2010]220号〕第五条规定）。
案例9：A公司2010年6月购入一套二手房屋，购入价格为100万，缴纳契税3万，已经取得购房发票、契税完税证。2017年6月以200万的价格卖出，在确定土地增值税扣除项目时，契税如何处理？
案例11：①2012年A公司受让一宗土地使用权，取得出让金财政票据100万、契税完税证3万；②2016年A公司以该土地使用权作价200万投资入股B公司，A公司符合〔财税[2015]5号〕文第三条不征收土地增值税的规定，但由于土地使用权的作价投资需要征收契税，B公司缴纳契税6万；③2017年B公司以300万转让给C公司。则B公司计算转让环节的土地增值税时，是否可以扣除B公司缴纳的6万契税？
解析：该问题有两种观点：
观点2：可以扣除，即：B公司土地成本=103+6=109万。根据〔国税发[2010]220号〕第五条规定，房地产开发企业为取得土地使用权所支付的契税，应视同“按国家统一规定交纳的有关费用”，计入“取得土地使用权所支付的金额”中扣除。B公司缴纳的契税可以作为B公司取得土地使用权所支付的金额在土地增值税税前扣除？
笔者赞同观点2，〔财税[2015]5号〕文规定，对于改制重组环节不征土地增值税，改制重组后再转让时应追溯回改制重组前的成本进行扣除，该条规定原理是保持土地增值税税收链条的完整性，但并不排斥B公司另外支付的契税。为简化理解，考虑另一种类似情况，A公司以103万平价转让给B公司，平价转让环节增值额为0，土地增值税税额为0，由于B公司以购入的方式取得A公司的土地使用权，B公司支付的契税显然可以作为取得土地使用权的成本在B公司转让C公司扣除，该例子与案例11的本质相同。
三、涉及印花税的案例处理
案例12：A房地产公司开发销售某房地产开发项目，销售收入1000万，缴纳房地产转让环节的印花税5000元，项目清算时，印花税如何扣除？
案例13：仍考虑案例12的情形，但缴纳的印花税为2016年5月1日之后发生的，项目清算时，印花税如何扣除？
案例14：A公司为非房地产公司，销售一套二手商铺1000万，缴纳印花税5000元，印花税能否在土地增值税税前扣除。
案例15：A房地产公司取得土地使用权，支付土地出让金1000万，缴纳取地环节的印花税5000元。项目清算时，取地环节缴纳的印花税能作为土地成本在土地增值税前扣除？
解析：取地环节缴纳的印花税不得作为土地成本扣除。根据《条例细则》第七条规定，允许扣除的印花税指的是转让房地产时缴纳的印花税，不包括取地环节缴纳的印花税。另外，按照财务会计规定，与契税直接计入土地成本的核算方式不同，印花税作为“管理费用”的组成部分，按照规定的综合比例扣除，不得单独作为土地成本在土地增值税税前扣除（22号文下发之后，印花税在“税金及附加”科目核算）。
四、涉及城建税、教育费附加的案例处理
案例16：A房地产公司开发多个项目，采用增值税一般计税方式，其中甲项目含税销售收入1110万，采用增值税一般计税方式，预缴增值税30万，则甲项目土地增值税清算时，如何确定可以扣除的城建税、教育费附加？
案例17：A房地产公司只开发一个房地产项目，采用增值税一般计税方式，A公司除该项目的开发销售外无其他业务，项目的含税销售收入为1110万、土地成本400万，A公司应计的销项税额为70.36万。A公司购入建筑安装劳务300万，取得增值税专用发票，进项税额为33万。则A公司进行土地增值税清算时，如何确定可以扣除的城建税、教育费附加？
解析：按照实际缴纳增值税对应的城建税、教育费附加扣除，即：（70.36-33）×（7%+3%）=3.74万。原因：根据总局2016年70号公告第三条规定，房地产开发企业实际缴纳的城市维护建设税、教育费附加，凡能够按清算项目准确计算的，允许据实扣除。
案例18：考虑案例16中的情形，假设A房地产公司除了交纳了3万城建税、教育费附加以外，还缴纳了0.6万的地方教育费附加，地方教育费附加能否在土地增值税税前扣除？
解析：应予以扣除。地方教育费附加与教育费附加的性质一样，均为房地产转让环节按照固定比例缴纳给政府的费用，只是财政收入分成的区别，应参照教育费附加在土地增值税税前扣除。
五、涉及城镇土地使用税、房产税的案例处理
案例19：A房地产公司在房地产项目建设环节缴纳的土地使用税，能否在项目土地增值税清算时予以扣除。
解析：不予扣除。根据《条例细则》规定，允许扣除的税金，指的是转让房地产环节缴纳的营业税、城建税、印花税，不包括城镇土地使用税。城镇土地使用税原来在管理费用中核算，22号文下发后在“税金及附加”的会计科目中核算，不计入A公司的土地成本。