泡沫破裂后至“安倍经济学”前的日本经济修复大致可以拆分成90年代和00年代两个阶段，以亚洲金融危机作为政策的分水岭，日本宏观政策尤其是货币政策在此前后出现了较大转变。1989年12月日经225见顶，1990年10月东京房价指数见顶，但在泡沫破裂早期日本政策调整较为迟缓，且财政政策退出较早。货币政策方面，1991年7月1日日本央行首次将官方贴现率自6%下调至5.5%，这标志着货币政策从紧到松的转变。1991年7月-1993年9月日本央行连续7次降息，贴现率自6%下调至1.75%，1993年四季度私人住宅投资增速由负转正，1994年开始出口和私人企业设备投资增速也有所改善，因此1993Q4-1995Q1日本央行维持贴现率在1.75%。虽然经济增速小幅抬升，但房价地价仍在下跌，信用收缩环境下通胀持续走低，因此1995年日本央行进一步将贴现率下调至0.5%，直至2001年始终保持在这一水平。
财政政策方面，为应对经济萧条，1992年3月宫泽内阁开始决定实施紧急财政对策，1992年到1994年间实施四次经济对策，总规模达45.2万亿日元，其中35.37%应用于公共工程投资；村山内阁于1995年4月、9月两次推出经济刺激对策，总规模21.2万亿日元。从年度赤字率来看，直至1992年财政始终保持盈余，1993-1996年赤字率逐步自2.4%升至4.9%。
产业政策方面，90年代初日本产业向海外转移，出现产业空心化问题，日本政府将更多的资源集中在基础科学上，提出“创造性知识密集型”的产业政策，1995年推出科学技术基本法，通过鼓励科技创新和研发，以推动经济增长。微观层面，企业经营不善的问题逐渐暴露，日本政府决定从选择主导产业转变为以企业为主体的改革，1995年推行《事业革新法》推动企业业务升级和调整。
1997年-2000年亚洲金融危机和不良资产暴雷影响下，宏观政策转向宽财政宽货币，金融机构不良问题处理进度也有所加快。财政政策方面，此前接连6次的经济刺激使得原本健康的日本财政显现危机。政府债务存量大幅扩张，1995年中央政府债务占GDP的比重达到62.21%左右。在此情况下，大藏省的判断倾向日本目前已走出谷底，重建财政是核心。该判断受到朝野支持，桥本内阁将1997年的财政重建目标转向债务余额对GDP的比重，同时债务余额不再上升。年中，这一时期，紧缩的财政政策一方面体现在“开源”：日本政府大幅度提高了消费税、增加了社会保险费；另一方面在“节流”的角度：降低政府支出，1997年财政支出占GDP的比重较1996年下降0.73%左右。回归积极财政政策基调，试图扭转颓势。尽管财政重建有所起色，但实际上并未建立在经济复苏的基础上。1997年下半年经济开始进一步恶化，叠加亚洲金融危机的影响，桥本内阁在次年4月推出了最大规模的综合经济对策，规模达到16.65万亿日元，同时减少2万亿日元的所得税，然而难以阻止经济萧条的步伐。截至1999年11月，日本政府再次出台两次刺激政策，GDP增速从1998年的-1.3%左右提升至1999年的-0.3%左右。
货币政策方面，保持低贴现率的基础上，1999年日本政府开始实施零利率政策，隔夜拆借利率不断调整。由于不良资产导致的金融体系濒临失效，叠加亚洲金融危机的影响，1999年2月日本执行零利率的非常政策，试图通过更进一步的宽松的货币政策扭转形势，在公开市场操作方面，隔夜拆借利率仅1999年2月到3月就从0.15%下调到了0.03%，零利率受益范围拓宽，资信较差的金融机构也可以筹集到资金。
产业政策方面，1997年开始，不良债务暴雷企业经营不善的问题日益凸显，金融体系极为不稳定，僵尸企业数量攀升，1999年推行《产业活力再生特别措施法》，促进不良债权问题的改善，在革新法的基础上提出事业再构筑计划，将经营资源集中于核心业务上，剥离生产率低的业务，提升资源利用效率。
90年代，日本经济经历衰退，尽管日本政府在90年代实施了积极的宏观政策，在1995-1996年经济一度出现了恢复的迹象，但1998-1999年上调消费税叠加亚洲金融危机等外部因素影响经济再度下行。90年代宏观政策在扭转资产价格下跌和通胀预期方面收效甚微，金融机构不良债务问题处理进度也偏慢，这使得政策未能实现预期的经济提振效果。
2001-2012年间日本开始了早期的QE尝试，这与1998年《新日本银行法》公布后，日本央行独立性增强有关。但期间无论是QE还是赤字规模都不算太大，结构性改革是政策重点，叠加次贷危机对日本制造业的冲击，无论是房价还是股价都在此期间经历了一轮过山车，至2012年资产价格均跌至21世纪初低点附近。
财政政策方面，以财务整顿为目标，提出改革措施。21世纪伊始经济企稳，GDP增速回归正值。小泉内阁重新把目光聚焦在巨额的财政赤字、过高的国债依存度和政府债务余额上，国家财政难以为继。因此，重提财政整顿势在必行。小泉主张“财政结构改革应分两个阶段来进行，第一步，在2002年度财政预算的编制过程中，要坚持把国债发行抑制在30万亿日元以下的目标。第二步，在此后的财政运营中，要努力实现基础性财政收支平衡的目标，即实现一般会计支出（除国债费）不依赖于新的国债的发行。”（胥小丽，《日本小泉经济结构改革研究》，2007年）
货币政策方面，量化宽松货币政策逐步实施。日本政府提出加大公开市场操作，转向购买长期国债，期望通过购买政府债券的方式，刺激市场利率下降，从而提振消费和投资。2001年3月开始日本央行不断上调长期国债回购规模，从4.8万亿每年增长到14.4万亿日元并保持到2004年初。期间，准备金账户余额在2001年呈现倍增，从5万亿日元增长到2004年初的30-35万亿。基础货币的数据反映了量化宽松政策的初步有效传导，2001年初M2平均余额从637.63万亿元，增长到2006年初的707.25万亿元。隔夜拆借利率方面，持续维持低位。
产业政策方面，日本小泉内阁鼓励发展民营。例如，“比较典型的例子就是“邮政三事业”的民营化，2003年4月1日“邮政公社”正式成立，这标志着邮政事业向民营化迈出了一大步。”（胥小丽，《日本小泉经济结构改革研究》，2007年）。
在企业管理方面，推进市场化。日本一直延续系列会社和主银行制度的治理结构，通过直接金融增加的企业股票以金融机构之间的互相持有方式被吸收。改革引入时价会计制度，并引入海外机构投资者，股东利益逐渐被放在首位。在雇佣方面，90年代为了防止社会不安定加剧，日本政府并未对雇佣制度进行改革，直到小泉内阁上台后，才逐步放松了派遣制。
财政政策方面，金融危机打断改革节奏，再度出台刺激政策。2007年金融危机席卷全球，2008年日本再次进入GDP负增速。日本政府在2008年8月开始陆续出台3次财政对策，规模共计81.4万亿日元；2009年4月出台经济危机对策，规模涉及56.8万亿元，其中41.8万亿元聚焦在金融措施，同年12月再次出台24.4万亿元经济刺激。为应对日元升值和通货紧缩的2010年9月出台紧急应对措施，10月再次公布紧急综合经济措施，共计30.6万亿日元，58.17%用于区域振兴、社会基础设施和中小企业支持领域。
产业政策方面，产活法的不断修改展现了日本对技术创新的重视。2007年与2009年旨在加快企业创新活动，提高生产率；2011年旨在推动企业从销售产品到产品与服务的组合方向，推动中小企业整合。
综上，小泉改革时期一方面取得了一些成果，在公共支出没有大幅提高的背景下，实现初步经济复苏，增长速度稳定为正，不良债权率呈下降趋势，在2005年3月不良资产问题得以解决，金融系统的修复为后续经济的进一步复苏奠定基础。金融危机爆发后，日本调整更为积极的财政和货币政策，在结构性改革中，企业提高了竞争力，也促进经济复苏。
2018年、2021年、2022年和2023年又四次放宽了YCC调控的长端利率的波动范围。最近的一次YCC调整是在日元贬值压力和通胀压力下，实质是“变相的加息”。长期来看，日本货币政策的大方向是走向正常化，但是短期来看，日本退出YCC的可能性不大，日本央行持有超过70%的日本10年期国债，其资产负债表超过GDP的250%，退出将会带来债券大幅下跌和经济波动。
积极的财政政策：安倍上台后推出5次大规模财政刺激计划，财政预算不断扩大。2013年1月，安倍政府出台“日本经济再生紧急经济对策”，其是日本有史以来的第二大财政计划，总额为20.2万亿日元，其中13.1万亿日元用于政府预算支出，主要用于公共摄设施的建设。2016年8月，安倍政府又启动了总额28.1万亿日元的财政支出计划。2019年12月，安倍晋三首相正式推出了总额26万亿日元，规模仅次于2016年的大规模财政刺激方案，财政刺激的资金相当于15个月的预算。财政收入方面，日本主要依赖国债发行和税收收入。国债发行来看，为了支持大规模的财政支出，日本政府开始大规模地发行债券，导致政府债务压力凸显。根据国际货币基金组织测算，日本政府债务对国内生产总值的比例从2012年的226%增加到了2020年的263%。税收来看，2014年4月，日本政府将消费税税率从6%提高至8%。然而，消费税可能对日本的需求产生一定的负面作用，并且在日本老龄化背景下，通过增收来改善政府财政状况也是不可持续的。
经济增长方面，安倍执政期间，日本经济实现了长达71月的连续增长周期，通胀方面，安倍上任后，日本通缩改善明显。出口情况来看，因为日本是外向型经济，而出口企业利润受汇率波动影响较大。受日元贬值的影响，从2012年至2020年，日本经常账户差额从601.17亿美元左右上升至1500.28亿美元左右，其占GDP余额比重从0.95%左右上升至2.97%左右。2013年左右日元贬值的对出口对影响效果比较明显，使得日本13年出口增速9.5%左右。但是从2013年以后增速就逐渐放缓，到2014年下降到4.8%左右，到2015年再进一步降至3.5%左右。
“泡沫破裂”对日本经济产生了深远影响，日本经济从“泡沫破裂”前的较快增长迅速转向长期停滞，在主要经济体历史上也属罕见。日本经济失去的二十年可能与以下几个因素有关：第一，资产价格大幅下跌使得日本企业和居民部门资产负债表受到严重伤害。日本东京房价指数和地价指数分别自高点大幅下跌。日本泡沫破裂后，日本私人部门资产负债表收缩大致分成两个阶段，1990-2000年间，日本非金融企业杠杆率自1993年的147.6%左右下行至2000年的117.7%左右，居民部门杠杆率维持在69%附近的相对高位。2000-2007年，非金融企业部门杠杆率进一步下行至2007年的97%附近，由于长期的经济低迷、资产价格下跌和企业去杠杆，居民也进入了持续的自发去杠杆过程，居民部门杠杆率自69%下行至60%附近。这期间日本居民消费、收入和投资增速中枢明显下行。如果将居民和企业杠杆率加总记作实体经济杠杆率，则日本实体经济杠杆率在1994-2016年，自214%左右降至152%左右，下降幅度达到62%左右，年均降幅2.8%左右。
第三，日本泡沫破裂后持续的信用收缩，使得日本全要素生产率增长也有明显放缓。虽然泡沫经济破裂后日本在制造业部分领域仍然占据技术优势。但是日本企业资产负债表修复较为缓慢，企业扩张意愿持续低迷，企业转型放缓，年轻人步入“就业冰河期”也使得创新减少，日本企业在互联网时代中逐步落后，日本全要素生产率增速持续处于主要国家中最低水平。以半导体行业为例，90年代初全球十大半导体公司日本占据6席，全球市场份额达到49%，到2010年已经跌至17%，日本半导体行业在20世纪80年代末期以来行业细化分工的趋势中转型偏慢，对下游需求的变化缺乏前瞻和敏感性，半导体厂商投资意愿不足也使得规模优势下降。
超宽松货币政策对日本经济的影响大致分为三个阶段，第一阶段其对资产价格和通胀预期的拉动较快，债务余额见底回升。2012-2019年日经225指数累计上涨179.8%左右，东京房价指数累计上涨7.7%左右。根据2020年日本央行两位工作人员发表的论文《InflationExpectationsCurveinJapan》，2012-2015年日本短中长期通胀预期均有显著上行，虽然2016年以来有所走低，但底部较90-00年代也有显著抬升，可见超宽松货币政策对通胀预期的拉动也较快。资产价格上涨和通胀预期改善使得2012年起日本居民和企业债务余额由降转升，但杠杆率仍在下行。第二阶段是对居民收入的正向拉动。从货币政策放松，传导到企业盈利乃至居民收入端需要一定的时滞，因此我们观察到2015年之后居民收入才出现了较为明显的改善。第三阶段是对居民和企业杠杆率的拉动。2012年起日本居民和企业债务余额由降转升，但杠杆率仍在下行，2016年日本经济景气度由降转升，日本企业和居民杠杆率才基本同步开始回升，可能反映出在长期收缩状态之后，重回加杠杆需要资产负债表修复和短周期景气抬升的共同推动。