1、协商解决：公民间发生的宅地纠纷，必须首先通过协商的方式解决。
2、行政解决：个人间、个人与单位间的纠纷，由乡级人民政府或县级以上人民政府处理。
3、司法解决：当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自收到处理决定通知之日起30日内向人民法院起诉。
如果农村宅基地系有邻里土地或房屋有争议，是不能审批通过确权的，需要先协商处理好纠纷才能提交申请。
几类常见纠纷的处理方法
1、对因国家、省、市、区建设道路被用作取土用土，且无法复垦的承包地，仍按原农村二轮承包面积确权登记，在备注栏内注明取土面积及用途，但对征用后的承包地多出的应当确认有承包户以防止发生新的纠纷。
2、对村组内所建公路、机耕路、塘、坝、渠、学校、办公室等生产公益事业占用的承包地，已办理征用手续并给与补偿的，不在计入承包地。未享受一次性补偿的，仍按原农村二轮可承包面积确权登记，在到户清册备注栏中注明情况。
3、对二轮土地承包后，个别组以大稳定小调整的形式进行土地调整的，可以按照尊重历史和现实的原则，在不违背政策法规的前提下，由组民实行民主协商，形成决议，可依据土地承包现状予以确权登记颁证。
4、承包农户因子女结婚要求分户的，由承包双方出具书面分割协议，在协议分户后分割的承包面积，予以分户确权登记。
5、承包户因离婚要求分户的，由离婚双方当事人提供法院判决书或协议书，如果对承包地分割没有异议的，并提出分户申请的，分别予以确权登记，如果二轮承包人不同意的除外。
6、农村土地二轮承包期间，除死亡绝户、全家迁入设区市的农户外，承包地共有人原则上仍按二轮承包时的共有人登记，但在土地经营权证书备注栏注明农户人员变动的情况。出嫁女、入赘女婿婚后在现生活家庭的，作为承包共有人登记，本人如提出在娘家有承包地经营权主张的，可根据当事人的意愿，而且娘家无任何异议，可在娘家进行确权登记。
7、承包户家庭人员死亡的确权。家庭承包人员死亡的，其他成员还存在，也没有与家庭死亡人员分户的，家庭承包户没有消亡，还按原承包土地确权登记。家庭承包户消亡的，原家庭承包土地不予确权登记(死亡人员与原家庭承包人是分户的，死亡人员单独立户的;死亡人员的原家庭人员迁入设区的市或转为国家在职公职人员或婚嫁后在居住地已取得承包田，只剩死亡人员的;死亡人员属孤寡户)。
8、承包农户代种他人承包地的。现代种户要求确权的，原则上不予确权。
9、农村土地二轮承包时，已经承包到户的村组小农场或集体土地，可按二轮承包时实际发包到户的面积确权登记，未承包到户的原则上暂不确权登记，归集体所有。