第一种观点认为要交税，理由是：个人独资企业不是法人单位，其投资人对经营行为承担无限责任，经营行为交的是个人所得税；如果投资人发生了变化，就相当于原投资人转让了公司资产给新投资人，这种个人独资企业的更名行为，属于发生了房地产权属转移行为，要交土地增值税。第二种观点认为不交税，理由是：个人独资企业毕竟还是企业，即便投资人在工商部门变更了登记，但是房产证上的权利人依然是个人独资企业的名称，并不存在房产过户行为，所以不交土地增值税。如果想搞清楚这个答案，可能需要先厘清以下思路：什么是个体工商户？什么是个人独资企业？法律形式上到底有什么区别，影响了什么。个人上网查了一下，个体工商户和个人独资企业大概有以下相似和区别：
1、有两者都是非法人，承担无限责任；2、个人独资企业可以设立分支机构，但是个体户不行；3、个人独资企业可以更名，更换投资者，个体工商户不行。
通俗一点来说：就是个人独资企业可以换「股东」，个体工商户换不了「股东」，只能注销。
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如果认定个人独资企业是企业，那么企业转让投资人身份，就如同公司转让股权一样，是否要按总局687号批复，以转让股权为名义，实质是转让房地产行为，征收土地增值税呢？即：认定个人独资企业转让投资者100%份额给另外一个自然人，是否属于以转让投资人份额为名义，实质目的是为了转让个人独资企业名下的房产，而需要缴纳土地增值税。只可惜，687号批复，很多地方也没执行。即便认定有这个实质，也得是执行687号批复的地方才会征收个人独资企业更名的土地增值税。而687号批复征税本身就有瑕疵，因为土地增值税暂行条例第二条规定的征税条件是：
一、属于国有土地及地上建筑物附着物；二、发生了房地产权属转让行为；三、转让行为取得了收入。
而个人独资企业更名行为，只是投资人发生了变化，个人独资企业名下的房产没有做任何变更，既不用更名也不用过户，不用到不动产权登记中心做任何操作。难道这也要交土地增值税了？
3如果将上面的问题再升级一下：个人独资企业转让住宅是否要缴纳土地增值税？有人说要交，也有人说不要交。不用交是因为：暂行条例实施细则第六条说，个人包括个体经营者；同时，137号文又规定了个人销售住房暂免征收土增税。所以，如果个人独资企业属于个体经营者，那就不用交土地增值税了。有人说要交是因为：如果个人独资企业不属于个人，那就不能适用137号个人销售住房免税的规定了。这个问题又回归到了工商部门的认定了。到底个体工商户或者个人独资企业是不是个体经营者呢？如果认定属于个体经营者，那就视同个人处理；如果认定不属于个体经营者，那就不能视同个人处理。
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