根据《中华人民共和国民事诉讼法》第二百四十八条规定：“被执行人在执行标的所确定的期间内不履行义务，可以申请支付令进行支付。支付令是一种支付方式，可以由执行法院依照规定发给被执行人的单位或者个人，要求其根据判决书、调解书、裁定书等需要履行义务的文书进行支付。
《中华人民共和国执行法》第九十三条规定：“被执行人拒不执行法院的判决、裁定，申请执行时，应当提交财产状况说明及有关财产证明材料；法院将其财产作为执行标的财产，依法查封、扣押或者冻结。执行标的财产不足清偿债务的，应当由申请执行人申请补偿亏空部分的执行费用，财产不足以支付的，可以减少执行标的。
根据以上法律法规的规定，被执行人在执行期限内若不履行义务，执行法院可根据判决书等文书发出支付令进行强制执行。同时，若被执行人的财产不足以清偿债务，申请执行人可以申请补偿亏空部分的执行费用。
在该案例中，执行法院查封了乙公司的资产，但发现资产不足以清偿债务的情况下，甲公司可以向执行法院申请补偿亏空部分的执行费用。执行法院会在评估资产后，根据实际情况减少执行标的。
根据个案的具体情况不同，具体的流程与费用也会有所不同。以下提供一个大致的流程：
具体费用可能包括申请执行费、财产评估费、公告费等，具体标准可以参考《中华人民共和国执行费用交纳办法》。
在遇到这种情况时，申请人可以考虑寻求法律援助，以确保自己的合法权益得到有效保护。同时，在进行合同签订或涉及到财务往来时，申请人也应该更加谨慎，确保自身权益的最大化。
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