合作各方联合申请立项作为建设方，有时成立联合管理机构，有时不成立联合管理机构。一般为非商业开发项目采用。
特点：随意性大，责权利不够清晰，税务处理上比较繁琐。
符合税务认定中的“合作建房“构成要件：
一是合作的双方共同出资（出地或出钱）、共享利润、共担风险。
二是双方必须共同拥有土地使用权（通过土地使用权“加名”或“双抬头”、“双主体”实现）并联合立项，但可由出地或者出钱的任何一方，或者双方共同组建的项目公司完成开发建设。
税务分析：
（1）分房过程中的增值税（营改增后存在争议）
根据国家税务总局关于印发《营业税问题解答（之一）的通知》（国税函发[1995]156号）第十七条的规定，合作建房分房自用时出地方、出资方均需缴纳增值税（营改增前为缴纳营业税）。但深圳地区有例外，根据《深圳市地方税务局关于合作开发房地产征收营业税问题的批复》（深地税发[2005]183号）的规定，分房自用时出地方、出资方目前均无需缴纳增值税（营改增前为无需缴纳营业税）。
（2）分房过程中的土地增值税
根据《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税字[1995]48号）第二条的规定，对于一方出地，一方出资金，双方合作建房，建成后按比例分房自用的，暂免征收土地增值税；建成后转让的，应征收土地增值税。
（3）分房过程中的所得税
合作建房后分房自用按自建房处理，双方各自办理初始登记，因此分房过程不产生所得税的纳税义务。
（4）契税
出地方取得分配自用的房屋无需缴纳契税，出钱方取得分配自用的房屋时需缴纳契税。
（三）合作开发的风险控制
1、涉税风险
（1）合同约定。出地方不承担经营风险，只收取固定利益，应当认定为转让土地使用权，即出地方向出资方转让土地使用权。（此时土地应按照评估价处理，而不能按照土地出让价格。）
（2）合同约定，出资方不承担经营风险，只分配固定数量房屋的，应当认定为房屋买卖合同，即出地方向出资方销售开发产品。（此时房屋应按市场公允价格视同销售，而不能按照房屋建造成本处理。）
（3）合同约定，出资方当事人不承担经营风险，只收取固定数额货币的，应当认定为借款合同，即出资方借款给出地方，出资方收取固定数额的货币，应认定为借款利息。
（4）合同约定，出资方不承担经营风险，只以租赁或者其他形式使用房屋的，应当认定为房屋租赁合同。（出地方需要从租缴纳房产税。)
2、责、权、利不统一的风险
实践中很多合作开发行为就是因为违反了基本原则而被法院认定为无效。
比如，出地方A与出资方B签订的合作开发协议中约定：A公司仅负责提供建设用地，不参与项目的建设管理，不论项目是否赢利，B公司均应按照约定向A公司支付收益。
根据《最高人民法院关于审理联营合同纠纷案件若干问题的解答》的规定，此类条款属于合同的“保底条款”，应认定为无效。
3、组织形式和报批报建的风险
合作开发房地产涉及多方之间的法律关系，错综复杂。首先是合作双方的关系；其次是联合体与政府部门的关系，开发房地产的各个环节，立项、到规划、开工、预售、验收都离不开政府部门的监督，企业需要向政府申请办理若干个许可证或批准文件。
实践中，可能由于没有做好合作开发模式的设计而导致报批报建手续受阻，致使某一方的权利受到损害或合作合同被法院认定无效。
风险控制：
实务中，合作方式多种多样，应主要注意业务实质与法律形式的界定及操作模式设计。
【案例一】成立法人公司合作开发
业务实质分析：
此案例中，双方按出资比例利润共享，风险共担，属实质的合作开发房地产。
（一）增值税
出资环节增值税：
房屋建成后销售环节：
对于C公司开发完成对外销售房地产，应按销售不动产交纳增值税。
契税
C公司接受A公司以土地使用权出资，对C公司应征收契税。
企业所得税
投资环节：
A公司的投出土地使用权产生了收益，应当缴纳企业所得税的。
分取利润：
根据企业所得税法第二十六条，符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益，为免税收入；A公司、B公司从C公司分配的利润，免征企业所得税
A公司财税处理：
以土地使用权换取长期股权投资，按《企业会计准则第7号---非货币性资产交换》
（1）按协议投入土地使用权时
增值税销项税额=45000000/（1+10%）*10%=4090909
借：长期股权投资--C公司45000000
贷：无形资产-土地使用权30000000
营业外收入10909091
应交税金——应交增值税（销项税额）4090909
（2）按投资比例分配利润时：
占C公司60%，对C实施控制，应按成本法：1500万元*50%*60%
应收股利=15000000*50%*60%=4500000
借：应收股利4500000
贷：投资收益4500000
（3）实际分配利润时：
借：银行存款4500000
贷：应收股利4500000
（居民企业分红免税）
B公司会计分析及处理
出资方B公司按《企业会计准则第2号---长期股权投资》进行投资业务，按实际支付的价款作为初始投资成本，B占C公司40%，具有重大影响，应采用权益法
（1）按协议投入资金时
借：长期股权投资--C公司30000000
贷：银行存款30000000
（2）C公司实现利润时：
借：长期股权投资–损益调整6000000
贷：投资收益6000000
（说明：1500*40%与A公司是有很大区别，原因在于会计核算方法不同。注意在纳税申报时，权益法下计算的投资收益需要做纳税调减）
（3）按照投资比例分得投资收益时
应收股利=15000000*50%*40%=3000000
借：银行存款3000000
贷：长期股权投资–损益调整3000000
C公司会计处理
C公司接受土地使用权及B公司资金
（1）收到A、B出资时：
借：无形资产--土地使用权（或开发成本）40909091
应交税金——应交增值税（进项税额）4090909
银行存款30000000
贷：实收资本---A公司45000000
----B公司30000000
C公司应缴纳契税=40909091*4%=1636363.64（万元）
借：无形资产--土地使用权（或开发成本）1636363.64
贷：银行存款1636363.64
1、计征契税的成交价格不含增值税。
2、房产出租的，计征房产税的租金收入不含增值税。
3、个人转让房屋的个人所得税应税收入不含增值税，其取得房屋时所支付价款中包含的增值税计入财产原值，计算转让所得时可扣除的税费不包括本次转让缴纳的增值税。
4、免征增值税的，确定计税依据时，成交价格、租金收入、转让房地产取得的收入不扣减增值税额。
5、在计征上述税种时，税务机关核定的计税价格或收入不含增值税。
本通知自2016年5月1日起执行。
（2）宣告分配利润时：
借：利润分配---应付股利7500000
贷：应付股利---A公司4500000
---B公司3000000
（3）分配利润时
借：应付股利---A公司4500000
贷：银行存款7500000
实物分红的财税处理
假设上述案例中，C公司年终股东大会决议，对投资各方应分配的利润采取分配房屋即实物分配的方式，当年建成住宅用房400套，当年销售300套（假设每套均价33万元），其中A公司分配房屋15套，B公司分配房屋10套。这里除分配环节不同，其他会计与税务处理与上述相同，在此仅进行分配环节的财税处理分析。
讨论：C公司将房屋分配给A公司、B公司时双方如何进行涉税处理
方法一（过户方式）：若分配房屋实际过户到A、B公司名下，则C公司将房屋分配给A公司、B公司的过程应分解为销售（开发票）+分红。
C公司：
缴纳增值税：（25*33）/（1+10%）*10%=75（万元）
土地增值税：按销售，正常汇算清缴。
财政部、国家税务总局《关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税字[1995]48号）规定，对于一方出地，一方出资金，双方合作建房，建成后按比例分房自用的，暂免征土地增值税，建成后转让的，应征收土地增值税。但房地产开发企业不适用（依据财税200621号文）。
A、B公司：按照分红+购入资产处理
所得税：分红免税
增值税：一般纳税人取得专票进项可以抵扣
契税：按照增值税不含税价缴纳
如果A、B各自再以自己名义销售，按“销售不动产”征税。
方法二（不过户方式）：若分配房屋不实际过户到A、B公司名下，而是A、B将分配的房屋对外销售，由C公司与实际购买业主签订合同、办理过户，然后将对应房屋销售所得款项分配给A公司、B公司，则属于股东分红（与现金分红不同只在于分红金额不是按照股权比例）。
C公司：按照正常销售房屋缴税。
A、B公司：不需缴纳所得税（居民企业间分红免税）。
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