自然人电子税务局(扣缴端)用于扣缴义务人为在本单位取得所得的人员(含雇员和非雇员)办理全员全额扣缴申报及代理经营所得纳税申报。
扣缴申报的主体流程是：
代理经营所得申报主体流程是：
报送及获取反馈：将人员信息报送后，税务局系统对人员身份信息进行验证并反馈验证结果。
报表填写：扣缴申报包括《综合所得预扣预缴申报》、《分类所得代扣代缴申报》、《非居民代扣代缴申报》、《限售股转让所得扣缴申报》四类申报表;经营所得申报包括《预缴纳税申报》(个人所得税经营所得纳税申报表(A表))、《年度汇缴申报》(个人所得税经营所得纳税申报表(B表))。
申报表报送：通过网络方式将填写完整的申报表发送至税务机关并获取申报反馈结果。
税款缴纳：申报成功后通过网上缴款或其他方式缴纳税款。
左边菜单树：通过点击功能菜单打开对应功能模块。
常用功能区：系统常用功能统一放在该处，点击快捷按钮进入功能页面。
待处理事项区：显示消息类型为冒用行为检举且状态是未处理的消息。
各地在自然人电子税务局(扣缴端)上线时，会通过多种方式通知用户下载安装包。可在各地税务机关网站上获取安装包，具体下载地址请留意税务机关通知。
双击安装包程序，点击【立即安装】，即可安装扣缴端到本地电脑，也可选择自定义安装目录进行安装。
注意事项：若已在电脑中安装过扣缴端，双击安装包将提示“修复”或“卸载”。
1.2.系统初始化
系统安装完成后，需要进行系统初始化注册。初始化注册的过程，即通过纳税人识别号从税务机关系统获取最新的企业信息，保存到本地扣缴端的过程。
点击安装完成界面上的【立即体验】(或点击桌面“自然人电子税务局(扣缴端)”快捷方式)，进入版本选择界面。除了在办税大厅终端上部署的客户端选择“办税大厅版”外，其他均选择默认选项，即“扣缴单位版”。
注册第一步：录入单位信息
在[纳税人识别号]/[确认纳税人识别号]的位置输入扣缴单位的纳税人识别号，已进行过三证合一的单位则输入统一社会信用代码，点击【下一步】，即可完成注册的第一步。
注意事项：
1.[纳税人识别号]和[确认纳税人识别号]必须一致;
2.注册时必须确保电脑处于联网状态。
注册第二步：获取办税信息
系统自动从税务机关端口获取最新的当地年平均工资、月平均工资以及月公积金减除上限等办税基础信息。
注册第三步：备案办税人员信息
办税人员如实填写姓名、手机号、岗位等信息。
注册第四步：设置数据自动备份
扣缴端的数据是保存在本地电脑的，为防止重装操作系统或因操作系统损坏而造成数据丢失，建议启用自动备份功能。
1.勾选“启动自动备份”，每次退出系统时，都会自动备份数据;
2.勾选“自动备份前提醒”，每次退出系统时，都会弹出备份提示;
3.可以自行设置备份路径，建议不要放在电脑系统盘;
4.可以根据电脑硬盘大小，选择保留备份数据的份数。当系统中自动备份的数据份数到达设定份数时，会自动删除早期的备份数据。建议把需要永久保存的数据，转移到电脑其他位置;