为了加强土地增值税征收管理服务，规范清算工作流程，统一清算工作标准，实现清算管理一体化，国家税务总局广东省税务局发布了《国家税务总局广东省税务局土地增值税清算管理规程》，自2019年7月1日起施行。
现将《国家税务总局广东省税务局土地增值税清算管理规程》(以下简称《规程》)主要内容解读如下：
一、关于“集中清算、分段审核”工作模式
为使土地增值税清算审核更加公平、公正、公开，保障纳税人合法权益，《规程》第十条至第十五条明确税务机关采取“集中清算、分段审核”方式开展清算工作，即县（区）级以上税务机关集中清算项目、集中人才，成立清算审核组，内设收入审核和成本审核等若干小组，按照统一流程和审核指引，对收入、成本、费用等进行专业审核，形成标准化、模板化、流程化的清算审核工作闭环。
二、关于项目日常管理
三、关于清算单位界定
分期开发的房地产项目，以分期项目为单位清算，这是基本原则。如何对项目进行分期，需要根据各地房地产主管部门管理现状，具体情况具体分析，所以《规程》规定“具体结合项目立项、用地规划、方案设计审查（修建性详细规划）、工程规划、销售（预售）、竣工验收等确定”。
四、关于扣除项目金额标准适用情形和核定程序
房地产开发项目的前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、开发间接费用，应凭合法有效凭证据实扣除。凭证资料不符合清算要求或不实的，可采取核定方式计算扣除。《规程》明确了具体核定程序以及凭证资料不符合清算要求或不实的具体情形。
五、关于成本费用分摊
《规程》第二十八条明确了同一清算单位内发生的成本、费用如何分摊，即同一清算单位内发生的成本、费用，能按照受益对象直接归集的，按照直接成本法计入相应房地产类型扣除；不能按照受益对象直接归集的成本、费用，原则上按照不同类型房地产可售建筑面积比例计算分摊；对占地相对独立的不同类型房地产，可按占地面积法计算分摊取得土地使用权所支付的金额、土地征用及拆迁补偿费。
《规程》第二十九条明确了地上部分与地下部分土地成本分摊的方法，即国有土地使用权出让合同或其补充协议注明，地下部分不缴纳土地出让金或者地上部分与地下部分分别缴纳土地出让金的，土地出让金应直接归集到对应的受益对象（地上部分或地下部分）。
六、关于人防车位收入、成本、费用处理
针对利用地下人防设施建造的车位，《规程》第三十一条就其收入、成本、费用处理给予明确，即建成后产权属于全体业主所有或无偿移交给政府的，其成本、费用予以扣除；有偿转让且能办理权属转移登记手续的，应计算收入，并准予扣除成本、费用；不能办理权属转移登记手续的，不计算收入，不予扣除相应成本、费用。不能办理权属转移登记手续的人防车位，其建筑面积按照人防设施竣工验收备案文件确定，其不予扣除的成本按照建筑面积比例在不含室内（外）装修费用的建筑安装工程费中计算。
七、清算后尾盘管理
《规程》第七章就规范尾盘管理提出了要求，即土地增值税清算审核期间转让房地产的，按规定预征土地增值税，待税务机关出具清算结论后，纳税人按照清算后再转让的规定汇总申报缴纳土地增值税，多退少补。清算后再转让的，纳税人应按月汇总，并在次月15日内申报缴纳土地增值税。
本《规程》自2019年7月1日施行，此前已受理但未出具清算审核结论的，可按本规程处理。
国家税务总局广东省税务局发布了新的土地增值税清算管理规程（国家税务总局广东省税务局公告2019年第5号，以下简称“新规程”），新规程主要在广东省地方税务局土地增值税清算管理规程（暂行）（广东省地方税务局公告2014年第3号，以下简称“暂行规程”）基础上进行补充、调整和优化，通过新规程与暂行规程的比较，可以发现新规程发生了多处变化：
一、费用扣除参照标准范围扩大
新规程第五条第三款明确“税务机关可参照当地工程造价指标，结合市场因素，确定前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、开发间接费用的土地增值税扣除项目金额标准”，在暂行规程的基础上，明确税务机关可参照当地工程造价指标，结合市场因素确定前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、开发间接费用的扣除项目金额标准，这较暂行规程关于“确定单位面积的扣除项目金额标准”有了进一步的细化。
二、提供资料发生了较大变化
新规程与暂行规程在很多提供资料的内容上发生了一些变化。如对比新规程第十六条与暂行规程关于项目日常管理的内容方面，会发现项目管理提供资料方面发生了较大变化，新规程明确规定了通过土地增值税管理系统实施项目管理，项目不同环节所提供的资料也发生了相应的调整，比如“国有土地使用证”调整为“土地权属证书”，“修建性详细规划批复文件”调整为“立项批准或备案文件、建设用地规划许可证、建设工程规划许可证等”，使所提供的文件资料更契合现行项目管理的实际情况。
三、个别程序进行了调整
在清算审核重点方面，新规程第二十七条增加了“主管税务机关应充分听取纳税人的意见，对纳税人提供的事实、证据予以复核，必要时引用第三方专业机构意见，经主管税务机关会同项目清算审核组集体审议后，认为事实不清、证据不足的，参照土地增值税扣除项目金额标准据以计算扣除，并发出核定征收的税务事项通知书”的内容。保障纳税人充分阐述意见以及提供证据材料由税务机关复核的权利，并由税务机关集体审议决定进一步的处理方式，以及若采取核定征收的情况下，将发出核定征收的税务事项通知书的程序，体现了更规范的清算审核的内容和流程。
四、在暂行规程基础上增加多项新内容
新规程第二章第十条至十五条，新增了集中清算分段审核的内容，在税务机关采取“集中清算、分段审核”清算模式下，税务机关对于土增税的人力资源安排将更集中，并且形成统一流程和审核指引，对收入、成本、费用等进行专业审核，清算审核工作将有望更标准化、专业化。
在利息支出审核方面，也在第三十四条新增了重点审核是否将顾问费、手续费、咨询费等非利息支出计入利息，以及更具体银行同类同期贷款利率的处理方式。
新规程第七章还新增设了清算后的尾盘管理内容，对土地增值税清算审核期间转让房地产的，按规定预征土地增值税，待税务机关出具清算结论后，纳税人按照清算后再转让的规定汇总申报缴纳土地增值税，多退少补。清算后再转让的，纳税人应按月汇总，并在次月15日内申报缴纳土地增值税。
五、人防车位的处理方式进行了专门阐述
新规定第三十一条对利用地下人防设施建造的车位，区分不同情况进行处理：一是建成后产权属于全体业主所有或无偿移交给政府的，其成本、费用予以扣除；二是有偿转让且能办理权属转移登记手续的，应计算收入，并准予扣除成本、费用；三是不能办理权属转移登记手续的，不计算收入，不予扣除相应成本、费用。
同时说明，不能办理权属转移登记手续的人防车位，其建筑面积按照人防设施竣工验收备案文件确定，其不予扣除的成本按照建筑面积比例在不含室内（外）装修费用的建筑安装工程费中计算。该表述比较难于理解，核心在于该人防车位建筑面积所分摊的建筑安装工程费不予扣除。
强调了税务机关要加强与其他部门的信息交换协作，并可设定扣除项目金额标准
第五条税务机关应当加强与同级财政、发改、住建、自然资源等部门的信息交换协作，充分利用第三方信息，强化土地增值税清算管理。
税务机关可参照当地工程造价指标，结合市场因素，确定前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、开发间接费用的土地增值税扣除项目金额标准。
可清算标准增加防止税款流失条款
第七条对符合以下条件之一的，主管税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算：
（三）主管税务机关有根据认为纳税人有逃避纳税义务行为，可能造成税款流失的。
建立清算审核人才库，集中清算，项目清算审核组负责清算审核，最大可能摆脱干扰
第十二条“集中清算”是指县（区）级以上税务机关集中系统内专业人才，成立项目清算审核组，统筹对辖区内房地产项目进行清算审核。（插一句，2016年，原安徽省亳州市地税局蔡子彬副局长曾组织亳州“三县一区”地税局统一进行房企项目土地增值税清算审核。）
第十四条省、市、县（区）税务机关分别组建土地增值税清算人才库。人才库从本级机关和基层推荐选拔产生，应涵盖法规、税政、征管等专业人才。项目清算审核组人员从人才库中随机抽选。
第十五条主管税务机关受理纳税人土地增值税清算资料后，向项目清算审核组移交项目清算资料。项目清算审核组审核完毕后，向主管税务机关移交工作底稿和清算审核材料，主管税务机关在规定的期限内完成审核结果确认、与纳税人交换意见、清算结论出具等工作。
明确清算适用“二分法”，分为“普通住宅和其他类型房地产”
第十九条土地增值税以房地产主管部门审批、备案的房地产开发项目为单位进行清算。对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算。具体结合项目立项、用地规划、方案设计审查（修建性详细规划）、工程规划、销售（预售）、竣工验收等确定。
同一个项目既建造普通住宅，又建造其他类型房地产的，应分别计算增值额、增值率，分别清算土地增值税。
明确纳税人缴纳的地方教育附加可予以扣除
第三十七条与转让房地产有关税金的审核。
应当确认与转让房地产有关税金及附加扣除的范围是否符合税收有关规定。根据会计制度规定，纳税人缴纳的印花税列入“管理费用”科目核算的，按照房地产开发费用的有关规定扣除，列入“税金及附加”科目核算的，计入“与转让房地产有关税金”予以扣除。纳税人缴纳的地方教育附加可计入“与转让房地产有关税金”予以扣除。对不属于清算范围或者不属于转让房地产时发生的税金及附加，不应作为清算扣除项目。
明确土地出让金应直接归集到对应的受益对象
（一）同一宗土地有多个开发项目，是否予以分摊，分摊办法是否合理、合规，具体金额的计算是否正确。
（二）土地出让金是否按照以下方式分摊：国有土地使用权出让合同或其补充协议注明，地下部分不缴纳土地出让金或者地上部分与地下部分分别缴纳土地出让金的，土地出让金应直接归集到对应的受益对象（地上部分或地下部分）。
明确不能办理权属转移登记手续的人防车位不予扣除相应的成本、费用
（四）利用地下人防设施建造的车位，是否按照以下方式处理：建成后产权属于全体业主所有或无偿移交给政府的，其成本、费用予以扣除；有偿转让且能办理权属转移登记手续的，应计算收入，并准予扣除成本、费用；不能办理权属转移登记手续的，不计算收入，不予扣除相应成本、费用。
不能办理权属转移登记手续的人防车位，其建筑面积按照人防设施竣工验收备案文件确定，其不予扣除的成本按照建筑面积比例在不含室内（外）装修费用的建筑安装工程费中计算。
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