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一、收入的确认。
房地产转让收入是指转让房地产取得的全部价款及其有关的经济收益，包括：货币收入、实物收入以及其他收入。如果取得的是实物收入，应按收入时的市场价格折算成货币收入;如果取得的是无形资产收入，应由专门评估机构确认成货币收入;如果取得的是外国货币，应按照取得收入的当天或当月1日国家公布的市场汇率折算成人民币收入。也就是说，计算土地增值税所使用的收入指标，只要将转让房地产取得的各种形式的收入按上述方法换算成人民币现金形式的收入即可。
二、扣除项目金额的确定。
土地增值税扣除项目金额的确定要区别新建房地产和旧房及建筑物两种情况进行。
(一)新建房地产扣除项目的确定。共有五项内容：
2.开发土地和新建房及配套设施的成本(简称房地产开发成本)。也就是开发房地产项目实际发生的成本，包括六部分：
⑵前期工程费。包括规划、设计、项目可行性研究和水文、地质、勘察、测绘、"三通一平"等支出。
⑶建筑安装工程费。其中以出包方式开发的为支付给承包单位的建筑安装工程费;以自营方式开发的为自建工程发生的建筑安装工程费。
⑷基础设施费。包括开发小区内道路、供水、供电、供气、排污、排洪、通讯、照明、环卫、绿化等工程发生的支出。
⑸公共配套设施费。指不能有偿转让的开发小区内公共配套设施发生的支出。
3.开发土地和新建房及配套设施的费用(简称房地产开发费用)。指与房地产开发有关的销售费用、管理费用、财务费用。相当于一般企业的期间费用或者营业费用。
对开发费用的扣除，不是按实际发生额，而是按标准扣除，标准的选择取决于财务费用中的利息支出。分两种情况：
(2)对不能按转让房地产项目计算分摊利息支出，或不能提供金额金融机构贷款证明的，房地产开发费用按地价款和房地产开发成本金额之和不超过的10%(具体由当地政府确定)计算扣除。
不过，在具体确定时还应注意五点：
一是利息的上浮幅度按国家的有关规定执行，超过上浮幅度的部分不允许扣除。
二是超过贷款期限的利息部分和加罚的利息不允许扣除。
三是全部使用自有资金，没有利息支出的，按上述(2)的方法计算扣除。
四是房地产开发企业既向金融机构借款，又有其他借款的，其房地产开发费用不能同时用上述两种方法计算扣除，只能选其中的一种方法。
五是土地增值税清算时，已经计入房地产开发成本的利息支出，应调整至财务费用中计算扣除。
对房地产开发企业在转让时缴纳的印花税因已纳入管理费用，因此，在此只能扣除营业税、城市维护建设税和教育费附加，即扣除"两税一费".
对其他纳税人缴纳的印花税则允许扣除，即扣除"三税一费"，印花税的税率为产权转移书据所载金额的0.5‰。
5.财政部规定的其它扣除项目。
根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》(财法字〔1995〕第6号)的规定，专门从事房地产开发的纳税人在计算土地增值税时，除扣除上述四个项目的扣除金额外，可以按取得土地使用权支付的金额加房地产开发成本之和再加计20%的扣除金额，其他纳税人则不不允许。也就是说，加计20%扣除政策只适用于专门从事房地产开发、并已进行实质性开发的纳税人，对虽专门从事房地产开发但未进行实质性开发(未进行开发即转让)的纳税人只能扣除取得土地使用权时支付的地价款、缴纳的有关费用，以及转让环节缴纳的税金;对非专门从事房地产开发的纳税人，只能扣除上述前四个项目的金额。
同时，转让新建房地产的纳税人在计算应缴纳的土地增值税时，对在销售时按县级以上人民政府规定代收的各项费用还要区别不同情况进行调整：
(1)代收费用计入房价向购买方一并收取的，应将代收费用作为转让房地产所取得的收入计税。实际支付的代收费用，在计算扣除项目金额时，可予以扣除，但不允许作为加计扣除的基数。
(2)代收费用在房价之外单独收取且未计入房地产价格的，不作为转让房地产的收入，对实际支付的代收费用也不得在计算增值额时扣除。
⑴出售旧房及建筑物的;
⑵隐瞒、虚报房地产成交价格的;
⑶提供扣除项目金额不实的;
⑷转让房地产的成交价格低于房地产评估价格，又无正当理由的。其计算公式为：
扣除成本=重置成本价×成新度折扣率。
重置成本价=交易实例房地产价格×实物状况因素修正×权益因素修正×区域因素修正×其他因素修正。
也就是说，转让新建房地产的纳税人如果存在上述⑵、⑶、⑷三种情况之一的，需要对成本项目金额进行评估扣除。
(二)旧房和建筑物的扣除项目的确定。共有三项内容：
1.旧房或建筑物成本。
纳税人转让旧房及建筑物，扣除成本一般按旧房及建筑物的评估价格扣除，其"评估价格"是指在转让已用的房屋及建筑物时，由政府批准设立的房地产评估机构评定的重置成本价乘以成新度折扣率后的价格(评估价格须经当地主管税务机关确认)。可区分两种情况进行扣除：
2.取得土地使用权所支付的地价款和国家统一规定交纳的有关费用(评估费可以扣除，但隐瞒、虚报情形下的评估费不得扣除)。
对于个人购入房地产再转让的，其在购入环节缴纳的契税，由于已经包含在旧房及建筑物的评估价格之中，故计征土地增值税时，不再作为与转让房地产有关的税金予以扣除。
三、应纳税额的计算。
通过以上对房地产转让收入及扣除项目金额的确定后，按照土地增值税的计算步骤，可以计算增值额了，土地增值税的增值额=转让房地产取得的收入-扣除项目金额。计算出增值额，确定出增值额占扣除项目金额的比例(增值额÷扣除项目金额×100%)，再找出适用税率，也就可以计算应缴纳的土地增值税税额了，即：土地增值税=增值额×税率-扣除项目金额×速算扣除系数。
(2)房地产开发成本为5000万元。
(3)房地产开发费用=1500+(2800+5000)×5%=1890万元。
(4)允许扣除的税费为1121万元。
(5)加计扣除额=(2800+5000)×20%=1560万元。
(7)增值额=20000-12371=7629万元。
(8)增值率=7629÷12371×100%=61.67%。
(9)应纳税额=7629×40%-12371×5%=2433.05万元。
需要注意的是，土地增值税是以纳税人房地产成本核算的最基本的核算项目或核算对象为单位计算的。成片受让土地使用权分期分批开发、转让的，对允许扣除项目的金额可按转让土地使用权的面积占总面积的比例计算分摊。若按此办法难以准确计算或明显不合理，也可按建筑面积或税务机关确认的其他方式计算分摊。即：扣除项目金额=扣除项目总金额×(转让土地使用权的总面积或建筑面积/受让土地使用权的总面积)。
总之，土地增值税如果能够从以上几个方面做到准确确认和计算，其应纳税款的计算结果也就准确无误了。