那么在实务中到底如何操作和计算呢，笔者的理解如下（其实笔者在2022年7月2号的本公众号《印花税学习笔记（三）》中已经做了分析）：
不对之处，请批评指正
3、需要注意的是，《中华人民共和国印花税法》关于产权转移数据的表述与本项的表述也有细微的差别。税法的表述是“应税产权转移书据的计税依据，为产权转移书据所列的金额”，表达的意思是产权书据所列的金额即是印花税的计税依据，而本项规定的表述是印花税的计税依据“按照产权转移书据所列的金额（不包括列明的认缴后尚未实际出资权益部分）确定”，注意是“确定”，所谓”确定”就意味着印花税的计税依据不一定是产权书据所列明的金额，而是以列明的金额为基础进行计算调整后确定。
因此所谓“不包括列明的认缴后尚未实际出资权益部分”的含义，笔者根据上述分析得出的理解就是，以某股东实缴出资金额占该股东应认缴金额的比例来计算书据所列金额，以此确定计税依据，用公式表示：
某股东股权转让计税依据=转让书据所列金额×（1-某股东尚未出资额÷该股东应认缴出资额）
2022年8月，A将其持有的对该企业认缴的60%股权全部转让，协议约定转让金额为1200万元，甲企业转让日的净资产为2000万元，股东A转让部分对应的实际出资额为400万元，同时转让协议列明的认缴出资额为600万元，尚未实际出资部分金额为200万元。
则A股东转让股权印花税计税依据=转让书据所列金额×（1-某股东尚未出资额÷该股东应认缴出资额）=1200×（1-200÷600）=800万元；
若全部实缴，则尚未出资额为0，则印花税计税依据为1200×（1-0÷600）=1200万元；
对应的个人所得税应纳税所得额=转让额1200-实缴金额600=600万元
若实缴金额为0，则尚未出资额为600万元，则印花税计税依据为1200×（1-600÷600）=0万元；
对应的个人所得税应纳税所得额=转让额1200-实缴金额0=1200万元