1912年1月1日，孙中山在南京就任临时大总统，宣布中华民国成立。
1912年1月初，因南北和谈基本上由南北方谈判总代表伍廷芳和唐绍仪等人私下进行，一般代表没有机会参与，严复遂辞去南北议和代表，提前离开上海回到了北京。
袁世凯在接见南下和谈代表时，曾信誓旦旦地表示拥护君主立宪，严复以为袁世凯是真心拥护君主立宪，甘心作内阁总理；他也误以为唐绍仪在和谈中主张共和，实质上出卖了袁世凯，故回京后对袁世凯说：“唐绍仪非议和也，乃往献江山耳。”
2月12日，大势已去的清朝隆裕太后携6岁的溥仪在乾清宫颁发了退位诏书。清宣统皇帝溥仪正式下诏逊位，授袁世凯全权组织临时共和政府。
2月13日，袁世凯逼迫清室退位，作为交换条件，孙中山向临时参议院提出辞职咨文，推荐袁世凯继任临时大总统。
2月15日，在南京的临时参议院选举袁世凯为中华民国临时大总统。
2月18日（正月初一），这天是壬子年春节，严复在壬子年初写有《民国初建，政府未立，严子乃为此诗》诗一首：“灯影回疏檽，风声过檐隙。美人期不来，乌啼蜃窗白。”
这是壬子年严复写的第一首诗。
严复临苏轼帖
2月19日，袁世凯设立“临时筹备处”，作为就职前“备咨询筹划之机关”。该筹备处后在4月22日撤销。
2月24日，严复去拜会袁世凯，被派入“临时筹备处办事”。
2月26日，袁世凯因京师大学堂监督劳乃宣以国体既变，统一政府已告成立，即上书“请派员接受大学堂事务”，谢病而去。京师大学堂顿时陷入混乱，亟待有人接管。遂直接任命严复为京师大学堂总监督，接管大学堂事务。
晚清时期，作为戊戌变法新政之一，1898年7月3日，光绪帝批准了由梁启超代起草的《奏拟京师大学堂章程》，正式创办了京师大学堂，这是中国近代第一所国立大学。
当晚严复即给身在天津的朱明丽夫人写了一封信。
严复在信中讲：“初七晚见过袁总统，被派入临时筹备处办事，本日又派大学堂总监督，薪水月三百两。此缺本系三品实缺京堂官，今不知何物矣。得差之后，便有人来荐管理员、教员等，可知凡事同前一样。刻拟十一日告假出京，到津过元宵也。临时政府有在天津组织之说，须数日方有分晓。十一日晚可派车到站接我。余俟面言。”
严复在1911年10月武昌起义爆发后数日，将家眷送往天津族侄家井处暂住，因房子小，人太多，以致11月9日严复来津时“人极众，至无借宿地。不得已，乃寓裕中洋客店”。后来，朱明丽夫人在法租界长发栈后身的中元街（今为和平区长春道）三十三号租到一处二层的房子，将全家搬到这里来居住。所以严复叫朱明丽夫人到时派车去接他。
2月28日，严复告假出京，到天津与家人一块过元宵节。其时，严复外甥女何纫兰也在天津一齐住在长春道。
3月6日，回到北京。
严复与外甥女何纫兰合影
当时的北京大学确实也存在很多问题，有的学生虽然回校报到，但一直不上课，在校外闲荡，吃喝嫖赌，吸鸦片，带小妾，社会影响很坏。严复对这些学生没有好感，同时也认识到北京大学在课程、师资等方面有很多需要改进之处。为此，严复又给教育部上呈了一份数千言的《分科大学改良办法说帖》。
该说帖主要有两方面内容：
第一，结束以前的办法：（1）对旧有学生。拟缩短原定学期至迟一年内一律提前毕业，作为大学选科毕业生，予以选科毕业文凭，以免新旧参差，教法不能一致。（2）处置已聘教习。所聘外国教习按合同处理，中国教职员工本无合同约束，应通过考核斟酌去留。
第二，今后改良办法：（1）今后招生以考试为准，不重以前的文凭；学生在校期间收取食宿费；毕业时由学校发给文凭、学位。（2）除非万不得已，今后招聘教员以本国人才为主。（3）文、法、理工、农、商诸科具体改良办法。具体而言，文科：本着兼收并蓄、广纳众流的原测，应涵盖东西方哲学、中外历史、舆地、文学等内容，招收中西学均有棍底的学生，聘请宿学名家任教。法科：招收具有普通法学知识、精于中文、兼通英文或德文的学生。以本国法律为主课，用国文教授。以外国法律比较为辅助课，用英文及德文教授。理工科：拟在地质、化学、工木、矿冶四门中各选拔两三名学生，由校出资派往德美两国插班进修。农科：年终大考选拔10余名学生，派送到日本游学。以望海楼学舍计算，另行招考学生200人左右，农林各两班，用英文教授，聘用教员约20名。商科：学制由三年攺为四年，前两年学公共课程；后两年内，学生在经济学、财政学、商学、交通学四大专业中择一深造，每个专业各十余门课。
与此同时，北京大学的学生也群情激昂，纷纷联名提出许多抗议性说帖或请愿书，他们先后提出《论文科大学不应缩短毕业期限说帖》、法科《反对改办选科说帖》、工科《维持工科办法说帖》、农科《陈请妥筹维持本科办法说帖》等等。
7月10日，由蔡元培主持的全国临时教育会开幕。历时一个月，至8月8日闭幕。在这次会议上，教育部打消了停办北京大学的动议。
7月14日，蔡元培因不滿袁世凯大权独揽而辞职。
7月26日，范源濂接任教育总长。
范源濂（1875—1927）
7月29日，英国教育会议宣布承认北京大学及其附设的译学馆均为大学，伦敦大学也宣布承认北京大学。
我们綜合的认识到从7月3日教育部下达了关于北京大学职员不得在校外兼职的命令。接着，7月7日，教育部又突然下达了结束北京大学的命令。
北京大学得以顺利开学，严复倾注了很多心血，教育部的命令，将使严复的努力付诸东流，严复认为北京大学不可以停办，对教育部的决策，十分气愤。於是严复又向教育部撰写提交了一份《论北京大学校不可停办说帖》，陈述不可停办北京大学的理由。
当时的北京大学确实也存在很多问题，同时严复也认为北京大学在课程、师资等方面有很多需要改进之处。为此，严复又给教育部上呈了一份数千言的《分科大学改良办法说帖》。
严复《分科大学改良办法说帖》
由于严复的据理力争以及北京大学师生的坚决反对，7月10日教育部打消了停办北京大学的动议。北京大学自5月复学以后，在严复的领导下，逐渐走上正轨，显露生机。7月29日，英国教育会议宣布承认北京大学及其附设的译学馆均为大学，伦敦大学也宣布承认北京大学。间接地肯定地了严复的几个月来的工作成织。
8月上半月，严复由于在春季向华俄道银行所借为期半年的七万两借款即将到期，而国库空虚学款仍无着落，遂分别向英国汇丰、法国汇理、华俄道胜等银行商借学款，但均遭拒绝。其借口是，它们都已参加六囯银行团，在民国大宗借款未成以前，不能自由出贷小额款项。
8月26日，为了尽快筹措办学经费，以便秋季开学之需，严复又向比利时在华开设的华比银行商借20万两贷款，除偿还道胜银行即将到期的七万两借款外，其余的留作秋季开学经费。
8月间，海军部设编译处，以严复为总纂，令部员翻译外国海军图籍。
9月中旬，严复被袁世凯聘为总统府顾问官。
9月25日，今天是中秋节，严复回一信给何纫兰。
严复在信中讲：“欲赴津视吾儿，而校事待理，兼部中有取易校长之说。华比借款，号中人仿照清华学校前案办理，须将校产保险，始立合同。为此，又须延阁。保险者系天津良济，须明日始有回信也。此事一星期内不知能了结否，真是令人不耐也。”
10月7日，严复辞北京大学校校长职。
严复在9月25日中秋节前，获知“部中有取易校长之说”，为避免被正式易职通知的局面，，就提前主动提出了辞职。
当得知严复辞去北京大学校长职务后，大部份北大学生欲加挽留，但教育部得知后不容所请，在校内与反对严复的学生形成对立的两派，校内空气异常紧张，几至用武。
当日教育部为此发了一个训令。
1912年10月7日教育部的训令
训令称；“查该大学校为全国最高教育机关，大学学生一举一动俱当循守礼法，示以楷模。此次改任校长，本因严校长新授总统府顾问之职，责任繁重，若再以校事相属，恐有顾彼失此之虞。本部对于该校维持整顿具有苦衷，凡我诸生，当能共谅。严校长学问资望，世所钦佩，诸生亲炙已久，依恋之切，自属恒情。惟闻有聚众纷争，几至用武情事，同学之间颇伤感情。在反对者虽亦持之有故，而言词不无过激。两派行为均属非是。自经此次训诫之后，务各恪守校规，致力学业，更宜互释前嫌，相为亲爱，毋貽局外讥评之口实，养成校中高尚之学风。本部自后望焉。”
教育部在训令中，将更易校长原因，表面上归为“此次改任校长，本因严校长新授总统府顾问之职，责任繁重，若再以校事相属，恐有顾彼失此之虞。”而且还称赞严复“学问资望，世所钦佩”，但实质上是以新任教育总长范源濂为代表的留日派，对严复的排挤。在训令中，还貌似公正地对两派学生，各打五十大板。
10月9日，袁世凯任命章士剑为北京大学校校长。但章士剑因公在上海，未能立即北上。
10月18日，袁世凯又任命马良（马相伯）为北京大学代理校长。但学生都反对此项任命。
11月2日，北京大学“学生与马代理大冲突，破口叫其滚蛋，且有欲用武者”。
严复对担任北京大学校长一职，“为教育顾大局，整学风耳，故虽出力，亦所不辞，部当知之，但愿出力之余，不至依然招怨而已。”
这便是严复首任北京大学第一任校长前前后后，严子可谓心胸仁广。