1、自由与安全论。这种观点认为，刑事程序的设计与运作应当追求的具有终极意义的目标，亦即刑事诉讼追求的基本目的，主要是自由和安全。在刑事诉讼基本目的体系中，自由和安全的矛盾冲突最为重要，并且难以折中和调和。这种观点还指出，探寻理想的刑事诉讼目的并构建合理的刑事诉讼目的体系，应当以下述理论命题为讨论问题的基点：
（1）合理的刑事诉讼目的体系应当兼容自由和安全两种目的；
（3）合理的刑事诉讼目的体系应当偏重安全目的；其四，合理的刑事诉讼目的体系应当保持适当的张力。
2、刑事诉讼目的层次论。这种观点将刑事诉讼目的分为直接目的和根本目的，认为刑事诉讼的根本目的就是维护国家的政治和经济制度，促进文明的发展和社会的进步。刑事诉讼的直接目的在于实现惩罚犯罪与保障人权，实现司法公正。刑事诉讼根本目的的实现有赖于直接目的的实现。按照这一观点，实体公正与程序公正、惩罚犯罪与保障人权两个方面应当并重，不宜在直接目的的两个方面中确立一个绝对优越的价值标准，当两者发生冲突而无法兼顾时，应当采取权衡原则，综合考虑国家利益、社会利益和个人利益，权衡利弊得失，作出有利于实现刑事诉讼根本目的的选择。这是目前通用刑事诉讼法学教材的观点。
3、实体真实与法律程序的统一论。这种观点认为惩罚犯罪与保障人权是抽象意义上的目的观。而要切实实现这一目的，还须确立具体意义上的目的观——实体真实与法律程序的统一。这种观点认为确立实体真实与法律程序相统一的目的观使得惩罚犯罪与保障人权的辩证统一得以具体化，并且引出了实体真实与法律程序的冲突及选择这一重要的理论与实践问题。这种观点主张，在刑事诉讼法中，实体真实与法律程序是基本统一的，然而，在司法实践中，这两者也会发生冲突，在这种冲突面前，应当选择法律程序。
二、刑事诉讼价值
随着研究的深入，人们逐渐认识到刑事诉讼法除具有工具性价值以外，其还具有自身的内在价值。这种观点认为刑事诉讼自身的价值不依附于刑法的存在而存在，其具有独立的价值。越来越多的学者逐渐引入正当法律程序或者程序正义理论来分析刑事诉讼法自身的价值，主张“通过程序的正当化”，用“程序来吸收当事人的不满”。这种观点提出保障程序正义的一系列主张，如增强当事人的自主性、保障当事人的充分参与，贯彻控辩平等，推进司法独立、增强司法权威等一系列主张。
尽管越来越多的人意识到刑事诉讼的自身价值，但是，在如何协调刑事诉讼法的工具性价值与刑事诉讼法的自身价值的关系问题上仍有很大分歧。有学者主张工具价值优先，兼顾自身价值，这种观点认为刑事诉讼法的首要价值是保证刑法的正确实施，同时也绝不能忽视其自身的独立价值。而有的学者将程序自身的价值放在首位，认为程序优先。
学者提出一系列刑事诉讼的价值目标将刑事诉讼法的价值予以细化，诸如公正、效率、效益说，公正、人权、效率说等。
至于公正和效率两个价值目标的协调，我们必须认识到公正才是我们所最终追求的终极价值目标，公正与效率尽管联系紧密，甚至互相包容，但二者在价值位序上还是有先后之分的，因为刑事诉讼毕竟不同于以追求利润为惟一目的的经济活动，它还承载着更多的伦理、道德价值。我们不能为了提高诉讼的经济效益而放弃公正。那样的话，不但代价过高，也与现代法治国家所推崇“人权保障理念”相背离。对于程序公正与实体公正的协调，长期以来，我国存在着重实体、轻程序的现象，因此，我们必须强调诉讼程序的双重功能，既具有保障实体法实施的工具性功能，又具有自身价值的独立性功能。实体公正与程序公正是结果与过程的辩证统一。
三、刑事诉讼结构
刑事诉讼的基本理念，刑事诉讼结构指的是刑事诉讼程序的结构或构造，是指刑事诉讼程序的具体化，反映刑事诉讼主体的关系图形或组合方式。刑事诉讼结构是刑事诉讼目的与价值的实现方式或途径，或者说是刑事诉讼目的与价值的进一步展开。
刑事诉讼结构包括纵向结构与横向结构。纵向结构指的是立案、侦查、起诉、审判、执行的流程，反映的是案件传递关系或工序关系，它以国家机关的权力运作为主线或标志。纵向结构可反映出侦查的基础性。强调纵向结构的优点是有利于提高诉讼效率，缺点是未突出审判中心和辩护作用。横向结构主要反映控、辩、审三方的权力互动的基本格局，即控辩均衡对抗与法官居中裁判的宏观关系，同时控、辩、审各方的内部关系或微观关系也要予以设置，如法官与陪审官的关系、公诉人与被害人的关系、侦查与检察的关系以及辩护人与被告人的关系。
刑事诉讼横向结构是狭义上的刑事诉讼结构。研究刑事诉讼横向结构有利于更全面、准确地把握刑事诉讼程序的规律。刑事诉讼程序结构如何保证实现公正、效率，在设计上要求“做工考究”，因此，刑事诉讼程序结构表现出一系列特色：
1、犯罪的严重性产生了刑事诉讼程序的“双重原告”构成。
任何越轨行为的危害性均具有双重性，即一方面造成了被害人本人的人身、财产及精神损害，另一方面对社会秩序和国家利益构成了威胁。刑事犯罪，由于强调其社会危害性，使得犯罪的受害者不仅仅是直接遭受犯罪伤害的人，还包括受到这种犯罪侵害的全社会或国家。这两种受害者均有权提出控告，并在刑事诉讼中充当原告，使得被害人和国家形成了“双重原告”格局。原告的构成发生了重大变化。“双重原告”中的国家或全社会提起的诉讼，就是公共起诉或公诉。刑事案件之所以叫做公诉案件，其根据就在这里。“双重原告”构想奠定了代表国家的公诉人和被害人之间关系的理论基础，也为公诉人或被害人在诉讼中的诉讼地位设定了理论前提。
2、犯罪的复杂性决定了刑事司法庭前程序的两级延伸
四、刑事诉讼职能
刑事诉讼职能是指诉讼参与者在刑事诉讼中为实现特定目的进行诉讼活动所具有的作用和产生的功能，诉讼主体进行诉讼行为，享有诉讼权利，履行诉讼义务都是在诉讼职能的基础上进行的。基于刑事诉讼职能范围，学者们曾有如下争论：
1、三职能说，从诉讼结构的应然角度认为刑事诉讼职能有控诉、辩护、审判三种职能；
2、四职能说，从我国司法运作的实际出发，在三职能外增加“诉讼监督”职能；
3、五职能说，在四职能外，将与诉讼无利害关系的人如证人、鉴定人参与刑事诉讼称为“协助司法职能”；
4、七职能说，从刑事诉讼的整体过程出发，将所有刑事诉讼的参与者都归入刑事诉讼职能的范畴，认为刑事诉讼职能包括：侦查职能、控诉职能、辩护职能、审判职能、执行职能、协助诉讼职能和诉讼监督职能。
刑事诉讼的基本理念，现在大多坚持三职能说，认为刑事诉讼职能包括控诉职能、辩护职能与审判职能。所谓控诉职能，是指在查明犯罪事实、查获犯罪嫌疑人的基础上，向法院提起诉讼，要求追究被告人刑事责任的职能；所谓辩护职能，是指反驳起诉，维护犯罪嫌疑人、被告人合法权益的职能；所谓审判职能，是指依法对刑事案件进行审理和裁决的职能。三种职能的组合方式和互动关系决定了刑事诉讼的结构模式，在弹劾式诉讼模式下，三种职能初具雏形；纠问式诉讼模式中，控诉、审判职能合二为一，辩护职能萎缩殆尽；现代混合式诉讼模式下，三种职能互相独立又相互制衡，缺一不可，确保刑事诉讼目的的实现。控诉是辩护的对象，是审判的前提和根据，审判必须限定在控诉的事实和被告人范围内；辩护必然针对控诉进行，对控诉成立起制衡作用；审判是控诉的法律后果，在审判中必须保障被告人的辩护权，没有辩护，控诉和审判将失之专横。