这些都使得人们的知识产权保护意识逐步增强，植物新品种和商标的申请量也都呈现逐年上升的趋势。根据农业部公布的数据，我国植物新品种的申请量近年来呈现快速增长的态势。2003年，我国植物新品种的申请量为567件，2004年为735件，2005年已上升至950件，截至2005年底，农业部共受理品种权申请2996件。但是，在植物新品种快速增长的同时，因植物新品种名称和商标权的冲突纠纷也日益增多。这些冲突有些已造成了市场的混淆，有些冲突更是已经诉至法院。因此，进一步完善植物新品种名称的保护，解决和商标权的冲突已经成为当务之急。笔者将从以下几方面进行分析：
一、植物新品种权的含义和保护内容
(一)植物新品种权的含义
依照《植物新品种保护条例》第二条对植物新品种的定义：“植物新品种是指经过人工培育的或者对发现的野生植物加以开发，具备新颖性、特异性、一致性和稳定性并有适当命名的植物品种”。世界各国的植物品种保护工作都是在《国际植物新品种保护联盟》(InternationalUnionfortheProtectionofNewVarietiesofPlant，简称UPOV)的协调下，依照本国法律进行的。我国的《植物新品种保护条例》正是按照UPOV1978年文本公约的基本原则，根据中国国情制订的。
(二)植物新品种权的保护内容
二、植物新品种名称保护的不足
(一)植物新品种权保护的范围是新品种的繁殖材料，其保护的核心是保护品种权的技术内容，而非植物新品种的名称，这就造成了很多植物新品种的名称无法得到品种权的保护。
(二)由于植物新品种的认定既有国家的农业和林业行政部门也有各省级农业和林业部门，保护范围分为全国性和地方性，这在客观上就导致了全国性权利与地域性权利、地域性权利之间植物新品种的名称冲突不断，给权利人造成极大的损失。
三、植物新品种名称与商标权冲突的表现形式及原因
(一)植物新品种名称与商标权的冲突的表现形式
一是植物新品种的名称与他人在先注册的商标相同，二是申请注册的商标与他人在先审定的植物新品种的名称相同，造成商标的注册不当或者品种名称审定不当而引起植物新品种名称与商标权之间的冲突。
(二)植物新品种名称与商标权冲突的原因
《植物新品种保护条例》第十八条第一款的规定：“授予品种权的植物新品种应当具备适当的名称，并与相同或者相近的植物品种或者已知品种的名称相区别。该名称经注册登记后即为该植物新品种的通用名称。”2001年2月26日，农业部发布的《主要农作物品种审定办法》第二十四条第三款规定：“审定公告在相应的媒体上发布。审定公告公布的品种名称为该品种的通用名称。”
这四个法律、法规和规章中都提到了“通用名称”的提法，但笔者认为二者内涵和实质内容是截然不同的，《植物新品种保护条例》中的“通用名称”实际上是农作物品种的专用名称，具有一定的知识产权属性，而《商标法》中的“通用名称”不具有任何知识产权属性，属公知共用的产品名称，也就是说此“通用名称”非彼“通用名称”。
但在现实生活中，由于没有相应的法律、法规和司法解释对两个“通用名称”的含义予以明确解释，同时也没有明确植物品种名称与商标权发生冲突时评判的标准和解决的办法。这导致目前在解决二者冲突时出现法理上的困难，导致了两者的含义模糊、界定不清，客观上造成了主管机关对于植物新品种名称保护和管理上的混乱，使得一些单位或个人虽然研发的植物新品种与已认定的品种权人的不同，但却误以为已认定的品种权的名称是通用名称而擅自使用，有意或无意地侵犯了他人的合法在先权利。
四、植物品种名称与商标权冲突的解决途径
如果从深层次解决品种名称与商标权的冲突以及品种名称之间的冲突，笔者认为：
(二)从事农业和林业产品开发的企业应当增强自身的知识产权保护意识，对于企业研发的植物新品种和农产品的品牌商标应当进行双重保护，既要申请植物新品种的认定，也要申请商标进行保护，做好维权工作。