追究生态环境主管部门及其执法机构和工作人员违法行为的法律责任需依法进行。“依法”主要是指依照《公务员法》《公职人员政务处分法》《监察法》以及《监察法实施条例》《行政机关公务员处分条例》等法律、法规和规章等规定执行。处分和政务处分的种类有警告、记过、记大过、降级、撤职、开除。根据《公务员法》第六十四条规定，受处分期间不得晋升职务、职级和级别，其中受记过、记大过、降级、撤职处分的，不得晋升工资档次；受撤职处分的，按照规定降低级别。上级行政机关或者有关机关应当根据违法行为的情节、危害程度等情况，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法给予处分。
一、对环境违法行为进行包庇的行政法律责任
地方各级人民政府、生态环境主管部门及其执法机构和其他负有环境保护监督管理职责的部门本应是监督生态环境违法行为的主体，但在实践中，出于地方保护主义、政府施压、经济利益诱惑等诸多因素，政府、生态环境主管部门及其执法机构和其他负有环境保护监督管理职责的部门对生态环境违法行为不仅不依法履行监管职责，还帮助弄虚作假，瞒报监测数据，掩盖违法事实，既对生态环境造成了严重损害，又对其他的守法企业造成了不公平竞争，严重影响了政府公信力和形象。[1]根据《环境保护法》第六十八条第二项的规定，地方各级人民政府、县级以上人民政府生态环境主管部门和其他负有环境保护监督管理职责的部门对环境违法行为进行包庇的，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员给予记过、记大过或者降级处分；造成严重后果的，给予撤职或者开除处分，其主要负责人应当引咎辞职。
[1]信春鹰主编：《中华人民共和国环境保护法释义》，法律出版社2014年版，第235页-第236页。
二、依法应当作出责令停业、关闭的决定而未作出的行政法律责任
责令停业、关闭是法律赋予地方政府、生态环境主管部门和其他负有环境保护监督管理职责的部门的一项重要职责，是督促企业事业单位和其他生产经营者停止生态环境违法行为的一项重要执法手段。根据《环境保护法》第六十八条第五项的规定，地方各级人民政府、县级以上人民政府生态环境主管部门和其他负有环境保护监督管理职责的部门依法应当作出责令停业、关闭的决定而未作出的，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员给予记过、记大过或者降级处分；造成严重后果的，给予撤职或者开除处分，其主要负责人应当引咎辞职。
需要注意的是，并非所有的“责令关闭”都是行政处罚。如对在饮用水水源一级保护区内已建成的与供水设施和保护水源无关的建设项目，由县级以上人民政府依据《水污染防治法》第六十五条第一款的规定责令拆除或者关闭；对在饮用水水源二级保护区内已建成的排放污染物的建设项目，由县级以上人民政府依据《水污染防治法》第六十六条第一款的规定责令拆除或者关闭。
关于《大气污染防治法》第九十九条有关适用问题意见的复函
（环办政法函[2016]2336号）
全国人大常委会法制工作委员会办公室：
你委行政法室关于《大气污染防治法》第九十九条适用问题的征求意见函收悉。经研究，现函复如下：
按照来函要求，我部征求了部分地方环保部门意见，并邀请国务院法制办、工业和信息化部、国资委、北京市第一中级人民法院等部门和单位以及有关专家召开了专题研讨会。
一、关于责令停业、关闭的实施主体
江苏省人大法工委在来函中表达了两种理解：第一种理解是，责令停业、关闭的处罚决定由环保部门作出，环保部门在作出决定前报有批准权的政府批准；第二种理解是，责令停业、关闭的处罚决定由有批准权的政府直接作出。我们认为，这两种意见各有其合理性，亦各有利弊。
（一）两种理解的利弊分析
1.关于由环保部门作出责令停业、关闭的决定
由环保部门作出责令停业、关闭的决定，其优点是有利于充分发挥环保部门在环境执法中的自主性和独立性，同时，随着省以下环境监察执法垂直管理体制改革逐步到位，更好地破除地方保护主义。
其弊端在于：从执法实践看，由于责令停业、关闭涉及企业的断水（电、气、热）、机器设备拆除、员工安置、土地重新规划或利用，并可能涉及国有资产处置、涉外关系等综合性问题，地方环保部门普遍反映，以环保部门为主体去实施停业、关闭，存在现实上的困境，很多事项远远超出了环保部门的职责范围，将导致该条文不能切实有效实施。
此外，《行政复议法实施条例》规定，下级行政机关依法经上级行政机关批准作出具体行政行为的，批准机关为行政复议的被申请人；而《行政诉讼法》规定，公民、法人或者其他组织直接向人民法院提起诉讼的，作出行政行为的行政机关是被告。因此，实践中可能会出现企业对责令停业、关闭的决定不服，但行政复议的被申请人和行政诉讼的被告不一致的情形，不利于纠纷的解决。
2.关于由有批准权的政府作出责令停业、关闭决定
（二）解释应当遵循的几个基本原则
考虑到上述两种解释各有利弊，建议在作出解释时，遵循以下基本原则：
一是符合立法原意。我们认为，在立法过程中，之所以采用“报经有批准权的人民政府批准”的表述，就是希望将责令停业、关闭的权限交由政府行使。
二是具有现实可操作性。将责令停业、关闭的实施主体解释为环保部门，难以保证必要的法律实施效果。实践中，地方环保部门将会因为顾忌企业停业、关闭可能带来的员工安置、社会稳定等因素，以及行政诉讼的压力，放弃作出责令停业、关闭的决定。
三是有利于环境监管执法。将责令停业、关闭的实施主体解释为“有批准权的人民政府”，更有利于地方政府落实环境保护责任，有利于加强环境监管执法的实际效果。
四是尊重地方的实际做法。目前，多数地方采用了由政府作出责令停业、关闭决定的做法。从地方立法来看，如四川省委办公厅、四川省政府办公厅2016年印发的《四川省党政领导干部生态环境损害责任追究实施细则》，明确规定“责令停业、关闭”的决定由有批准权的政府直接作出。
（三）我们的倾向性意见
我们建议，将责令停业、关闭的实施主体解释为“有批准权的人民政府”。
二、关于“有批准权的人民政府”如何确定
一是从法条的文意理解看，“有批准权的人民政府”，是指对企业停业、关闭有决定权的政府，而不是对环保部门提出的停业、关闭报批申请有批准权的政府，，因此，不能按照属地原则，简单解释为环保部门的同级政府。
《企业国有资产法》第三十四条规定：“重要的国有独资企业、国有独资公司、国有资本控股公司的合并、分立、解散、申请破产以及法律、行政法规和本级人民政府规定应当由履行出资人职责的机构报经本级人民政府批准的重大事项，履行出资人职责的机构在作出决定或者向其委派参加国有资本控股公司股东会会议、股东大会会议的股东代表作出指示前，应当报请本级人民政府批准。”
以上意见，供参考。
环境保护部办公厅
2016年12月24日
三、对超标排放污染物等行为，发现或者接到举报未及时查处的行政法律责任
《环境保护法》及各项单行法对超标排放污染物、采用逃避监管的方式排放污染物、造成环境事故以及不落实生态保护措施造成生态破坏等行为均规定了严格的法律责任。行政执法机关发现或者接到举报如未及时查处，将纵容这些生态环境违法行为人。根据《环境保护法》第六十八条第四项的规定，地方各级人民政府、县级以上人民政府生态环境主管部门和其他负有环境保护监督管理职责的部门对超标排放污染物、采用逃避监管的方式排放污染物、造成环境事故以及不落实生态保护措施造成生态破坏等行为，发现或者接到举报未及时查处的，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员给予记过、记大过或者降级处分；造成严重后果的，给予撤职或者开除处分，其主要负责人应当引咎辞职。
四、违法查封、扣押企业事业单位和其他生产经营者的设施、设备的行政法律责任
查封、扣押属于行政强制措施。《行政强制法》第二条规定，行政强制措施，是指行政机关在行政管理过程中，为制止违法行为、防止证据损毁、避免危害发生、控制危险扩大等情形，依法对公民的人身自由实施暂时性限制，或者对公民、法人或者其他组织的财物实施暂时性控制的行为。《环境保护法》第二十五条及《环境保护主管部门实施查封、扣押办法》、《大气污染防治法》第三十条、《土壤污染防治法》第七十八条、《固体废物污染环境防治法》第二十七条和《噪声污染防治法》第三十条规定的查封、扣押措施均有实施的条件。有的行政机关实施查封、扣押，不是为了实现法定目的，而是为了实现其他行政管理目的，乱用和滥用查封、扣押措施，侵害了当事人的合法权益。根据《环境保护法》第六十八条第五项的规定，地方各级人民政府、县级以上人民政府生态环境主管部门和其他负有环境保护监督管理职责的部门违法查封、扣押企业事业单位和其他生产经营者的设施、设备的，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员给予记过、记大过或者降级处分；造成严重后果的，给予撤职或者开除处分，其主要负责人应当引咎辞职。
五、应当依法公开环境信息而未公开的行政法律责任
根据《环境保护法》第五十三条的规定，公民、法人和其他组织依法享有获取环境信息、参与和监督环境保护的权利。各级人民政府生态环境主管部门和其他负有环境保护监督管理职责的部门，应当依法公开环境信息、完善公众参与程序，为公民、法人和其他组织参与和监督环境保护提供便利。行政处罚等执法信息是重要的环境信息。根据《环境保护法》第六十八条第七项的规定，地方各级人民政府、县级以上人民政府生态环境主管部门和其他负有环境保护监督管理职责的部门对应当依法公开环境信息而未公开的，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员给予记过、记大过或者降级处分；造成严重后果的，给予撤职或者开除处分，其主要负责人应当引咎辞职。