(一)意思表示只能是一方的意思表示，而法律行为则可能包含一个或者多个意思表示。
(二)法律行为与意思表示的成立要件是不同的。
关于法律行为的一般成立要件，学界通说认为包括当事人、意思表示与标的，这三者构成一个整体，因为既然存在意思表示，则必然有其表意人存在，而意思表示也必然有其欲发生的法律行为的标的，因此当事人的意思表示是一个整体，既包括意思表示主体，也包括意思表示的标的。但法律行为的成立要件是不同的，除了当事人的意思表示之外，还可能存在法定的或约定的特殊成立要件。例如法律规定必须要以订立书面形式或登记、审批，或当事人可特别约定公证的形式作为法律行为的特别成立要件。
就法律行为的成立而言，如果是无相对人的单方法律行为，则以意思表示的发出为成立;如果是单方法律行为，则以意思表示的到达为成立;如果为双方或多方行为，则以当事人意思表示的合致为成立。
而且，当事人可以自由约定其法律行为的成立条件。例如，当事人可以约定以公证为法律行为的成立要件。对一些特殊的行为，如要物行为，则根据法律的规定，不仅需要意思表示的一致，当事人之间还需要完成一定的实际交付行为才能导致法律行为成立。而意思表示的成立通常以意思表示的发出为成立条件。
(四)法律行为与意思表示的生效是不同的。
根据大陆法系国家的民法，对于意思表示的生效一般应当区分是否有相对人，如果意思表示有相对人的，则意思表示一旦到达相对人就生效;如果意思表示没有相对人，则意思表示一经作出即可发生效力。但意思表示发生效力以后，并不一定产生法律行为的效力，能否产生法律行为的效力，还要看该意思表示是否符合法律行为的生效要件，单纯的意思表示可能并不直接构成法律行为的意思表示，不一定能够产生当事人预期的法律效果，但法律行为一般要产生当事人预期的效果。
(五)法律行为的解释与意思表示的解释是不同的。
对意思表示的解释，可以从狭义和广义两个方面来理解，如果从广义上理解，则意思表示的解释包括了法律行为的解释，法律行为的解释不过是意思表示的解释的主要形态。从狭义上理解，意思表示的解释是除法律行为之外的各种意思表示的解释。如果按照狭义理解，它和法律行为的解释确实有一定的区别。意思表示的解释以探求当事人的真实意思为目的。它注重的是意思的真实性，而法律行为的解释不一定强调意思的真实。法律行为的解释要客观化，有关法律行为的解释规则更加宽泛，例如诚信原则的采用，使得法律行为的解释更加客观化。可见法律行为的解释不一定要探究当事人的真意，一些专门适用于交易的解释规则，如适用交易习惯的解释，就不适用于意思表示的解释。
近百年来，表示主义取得明显优势，其目的在于侧重保护相对人的信赖和交易安全，其结果是法律行为的解释方面越来越注重表示主义，而不强调探究当事人的内心真正确区分意思表示与法律行为，对于准确理解法律行为的内涵、意义十分重要。