1.联盟组织机构设置为：理事会、专家咨询委员会和秘书处。理事会是联盟的决策机构，专家咨询委员会是联盟的咨询机构，秘书处是联盟的执行机构。
2.理事会的组成、任期、职责和议事规则
2.1理事会的组成
理事会由会员大会选举产生，每届任期四年，可以连任。理事会设理事长一名、常务副理事长一名、副理事长若干名，由理事会选举产生。理事会的常设工作机构为常务理事会，由理事长和副理事长组成。每届任期四年，可以连任。
2.2理事会的职责
维持联盟稳定运行；审议修改联盟《协议书》；批准联盟成员的加入或退出，取消联盟成员资格；审议联盟管理制度；根据专家咨询委员会建议，决定联盟技术发展方向与重点工作任务；审议联盟年度工作报告、工作计划和发展规划；审议年度财务预、决算报告；审议联盟变更或终止联盟的议案；审议其他重大事项。
2.3理事会议事规则
理事会每年召开一至两次，或可采用书面、通讯等形式召开；会议由超过半数以上的理事参加生效；必要时经三名以上副理事长提议，半数以上理事会成员同意，可以召开理事会临时会议；会议表决有三分之二以上参会成员通过有效。
常务理事会每季度至少召开一次，以会议形式为主，必要时采用书面和通讯形式举行。会议由超过半数以上代表参加生效，会议表决有三分之二以上参会成员通过有效。
3.专家咨询委员会的组成、任期、职责和议事规则
3.1专家咨询委员会的组成
专家咨询委员会由集成电路产业链各环节的专家组成。按照联盟计划安排，开展各项专业技术咨询活动。每届任期四年，可以连任。
3.2专家咨询委员会的职责
专家咨询委员会根据联盟工作计划和安排开展各项专业技术咨询活动，按照民主集中制原则，客观、公正、公平地提供专业技术咨询，服务和服从于集成电路产业技术创新战略联盟。
3.3专家咨询委员会议事规则
专家咨询委员会工作会议由联盟秘书处提议，三分之二以上委员到会，由专家咨询委员会主任或主任委托副主任主持召开。
工作会议对审议事项的表决采用举手表决或投票方式进行，同意人数达到参会委员总数的三分之二及以上的被审议事项，可获通过。
专家咨询委员会管理办法见附件1。
4.秘书处
4.1秘书长产生
秘书长由理事会选举产生，任期四年，可以连任。
4.2秘书处
中国科学院微电子研究所作为联盟秘书处挂靠单位。秘书处负责执行联盟理事会决议；为专家咨询委员会工作提供服务；组织、管理、协调联盟内的各项工作。
秘书处管理办法见附件2
6.联盟秘书处负责组织联盟与外部组织的交流与合作，对秘书处组织的对外交流与合作活动，联盟成员均有参加的权利和义务。
联盟成员的基本条件：
联盟成员的权利：
1、参加联盟会议，参与讨论和表决与联盟发展有关的重大政策、决议和事项。
2、有选举权、被选举权和表决权。
3、优先取得联盟资源共享、联盟成员之间合作；同等条件下优先获得联盟知识产权的使用权。
4、优先参与联盟组织的联合攻关、重大产品和关键技术开发等创新活动。
5、拥有获得联盟推荐，优先取得国家科技计划项目支持的权利。
7、加入联盟自愿，退出联盟自由。
联盟成员的义务：
1、遵守国家法律法规和联盟《协议书》，执行联盟决议，维护联盟的合法权益。
2、积极参加和支持联盟组织的各项活动，承担并完成联盟委托的各项工作。
3、承诺向联盟提供可共享的研发资源。
4、及时准确提供联盟需要但不涉及商业秘密的信息资料和统计数据。
5、对联盟日常运行提供任何形式的投入、赞助和支持。
6、按照规定缴纳会费。
7、指定一名联络员负责与秘书处日常工作联系及向联盟提供可对外发布的本单位信息及业绩材料。
8、对联盟编发的有关信息资料以及联盟成员提供的信息资料，负有保密责任，不得翻印和转售；资料未经许可，不得公开发表。
9、未经联盟内合作单位许可，不得私自将合作研究技术向联盟以外单位扩散。
11、不得私自以联盟的名义办理业务、举办活动或发表言论。
联盟新成员的加入：
1、申请加入联盟的单位，需提交下列申请材料
提交加入联盟的书面申请；
本单位的介绍材料和法人营业执照的复印件；
2、加入联盟的程序
向秘书处提交加入联盟的申请书；
由理事会批准入盟申请。
3、申请者获得理事会批准即成为联盟的正式成员，由联盟对外承担责任主体与新加入成员签订加入联盟的协议，并视同新加入成员与联盟所有成员按本协议书建立了契约关系。
联盟成员的退出：
联盟成员提出书面申请，经联盟理事会批准后退出联盟。
联盟成员的除名：
联盟成员违反国家法律、法规或明显违反与联盟所签订的《协议书》，经联盟理事会批准后予以除名。
联盟设立项目及联盟组织承担政府计划项目，须执行相应计划项目管理办法。严格项目立项、实施、验收以及相应的组织管理和监督机制。
联盟项目管理办法见附件3。
1、联盟经费主要来自成员单位的投入、政府财政资助、银行贷款及其他渠道，如各种咨询服务、培训、活动组织、联合招投标、国际合作等。
2、联盟的经费用于联盟开展各项活动、技术攻关、项目研发及创新服务，以及与联盟工作有关的公用办公、专项工作和日常管理等开支。
4、联盟经费管理工作由秘书处负责。秘书处负责编制经费预决算，经理事会审议批准执行。经费实行专款专用，专账管理。由理事会委托秘书处挂靠单位财务机构管理联盟经费，接受理事会确认的会计师事务所审计，并报理事会审查。
联盟经费管理办法见附件4。
1、联盟成员在加入联盟前和在联盟组织的项目以外，凡未利用联盟资源和条件自行研发的现有技术成果、知识产权仍归其享有。
2、在联盟组织的项目中，项目合作方需签订协议，明确各自投入的现有知识产权及其权利共享的范围和方式，明确项目合作中产生的知识产权的归属和处置方式。
3、联盟组织项目的合作方，未经许可不得将他人投入的知识产权用于联盟项目之外的其他用途。
联盟知识产权管理办法见附件5。
联盟解散应当成立清算组进行清算。清算组应当制定清算方案，由理事会讨论通过。
联盟解散和清算管理办法见附件6。
1、任何协议方违反本协议约定的义务，经联盟理事会决定，可从联盟中除名，并由联盟对外承担责任主体单位或联盟理事会指定的其他联盟成员代表联盟追回其承担联盟研发项目中政府资助资金和联盟配套资金；给联盟或联盟成员造成经济损失的，应承担赔偿责任。
2、联盟成员退出或被除名后，不再享受本协议约定的联盟成员权利，但仍需承担保守联盟及联盟成员技术秘密的义务；对已经许可联盟其他成员在联盟项目中使用的知识产权，相应联盟成员仍有权按原有条件继续使用；对其已投入联盟的各类资金不予退还。
1、本协议经协议各方法定代表人签署并加盖公章后生效，签约方各持一份，具有同等效力。送科技部备案一份，联盟秘书处留档一份。
2、对本协议的任何变更须经联盟理事会表决，并以书面形式做出。本协议未尽事宜，经联盟成员提议、理事会表决后可采用补充协议完善。
本协议至联盟解散终止。
本协议以中华人民共和国法律为依据，解释权属联盟理事会。如果本协议与国家法律或政府发布的文件规定相矛盾，以法律规定和政府文件规定为标准，协议将进行相应补充、修订和说明。