根据《海安法》的规定，主管机关的主要职责是：
(1)中国籍船舶登记、发证;
(2)负责禁航区、航道(路)、交通管制区、锚地和安全作业区等水域的划定、公布和监督管理;
(3)核定船舶靠泊安全条件，核准与通航安全有关的岸线使用和水上水下施工、作业;
(4)负责海上搜寻救助组织、协调和指挥，调查、处理海上交通事故和海上交通违法案件;
(5)负责船舶和设施安全检查和日常监督，办理船舶进出港签证和进出口岸查验手续;
(6)负责船舶载运危险货物的安全监督管理。
(7)负责航海保障，通航环境管理，发布航行警(通)告，管理沉船沉物打捞和碍航物清除，维护海上交通秩序;
2.管理相对人的权利和义务
《海安法》在对管理相对人义务的规定方面，主要从以下八个方面具体体现：
(1)船舶和船上有关航行安全的重要设备必须具有船舶检验部门签发的能证明其技术状况、性能符合技术标准和技术要求的法定文书。同时船舶必须进行注册登记，取得法定身份证明文件。
(2)船舶、设施应当按规定配备人员。船舶、设施上的人员应当经过专门训练或培训并达到一定工作技能标准要求，取得相应的资质证书，并遵守有关海上交通安全的规章制度和操作规程，保障船舶、设施航行、停泊和作业的安全。
(4)水上水下施工，岸线的使用，禁航区的设置，安全作业区、安全管制区以及锚地的划定和调整等活动必须遵守主管机关的规定。船舶、设施及其人员应当维护通航环境，保护海上安全设施，发现影响海上交通安全的异常情况应当及时向主管机关报告。
(5)船舶、设施储存、装卸、运输危险货物，必须具备安全可靠的设备和条件，遵守国家关于危险货物管理和运输的规定。船舶装运危险货物，必须向主管机关办理申报手续，经批准后，方可进出港口或装卸。
(6)船舶、设施和飞机在海上遇险应尽一切力量进行自救，并及时报警。过往船舶收到求救信号或发现遇险情况应当尽力前往救助。
(8)船舶、设施发生交通事故，应当向主管部机关递交事故报告书和有关资料，并接受调查处理。事故的当事人和有关人员，在接受主管机关调查时，必须如实提供现场情况和与事故有关的情节。
《海安法》关于管理相对人权利的规定方面，在四十五条规定：“当事人对主管机关给予的罚款、吊销职务证书处罚不服的，可以在接到处罚通知之日起十五天内，向人民法院起诉。”随着国家行政管理法律法规不断建立和完善，通过其他法律法规的调整和规范，目前已赋予海事管理相对人更广泛的权利。主要有获得准予许可、陈述与申辩、了解、查阅主管有关记录、要求执法人员表明身份、要求举行听证、申请回避、申请行政复议、提起行政诉讼、取得赔偿、申诉、控告、检举等方面的权利。
3.对外国籍船舶的管理
由于内水置于一国绝对主权控制之下，一国内水是否允许外国籍船舶进入，由该国法律规定。《海安法》明确规定，外国籍非军用船舶，未经主管机关批准，不得进入中华人民共和国的内水和港口。但是，因人员病急、机件故障、遇难、避风等意外情况，未及获得批准，可以在进入的同时向主管机关紧急报告，除特殊情况外，必须事先申请主管机关批准。我国目前的实际做法是：与我国无通航关系的国家的第一艘船舶申请进入我国的内水和港口，需经国务院交通主管部门批准，批准某一国家的船舶入境，即建立了与该国的实际通航关系。已建立通航关系的国家所属的船舶进入我国开放港口、水域，需在预计抵达7日前，通过代理人向预定抵达港的海事管理机构办理进口岸审批手续。经批准进入口岸的船舶还应当办理进出口岸查验手续。
外国籍军用船舶，未经我国政府批准，不得进入我国领海。外国派遣船舶或飞机进入中华人民共和国领海或领海上空搜寻救助遇难的船舶或人员，必须经主管机关批准。
由于引航权是一国主权的组成部分，各国立法和规章中所规定的引航制度及指派引航员对船舶实施的引航，是实施引航权的体现，也是船舶安全航行保障的重要手段。引航分为强制引航和服务性引航，当前世界各国对外国籍船舶普遍实行的是强制引航制度。《海安法》规定：外国籍船舶进出我国港口或在港内航行、移泊以及靠离港外系泊点、装卸点站等，必须由主管机关指派引航员引航。(交通部提供)