南京林业大学有多个社团，包括新闻中心记者团、国旗护卫队、新闻中心新媒体工作室、红十字会、水杉支教协会、法律援助协会、水杉艺术团、英语辩论与演讲协会和水杉剧社等。这些社团各自有不同的特点和活动。
南京林业大学国旗护卫队成立于2015年，隶属于南京林业大学学生工作部(处)武装部。主要负责学校大型升旗仪式，承担校内重大礼宾活动任务，参加爱国主义宣传教育活动等。国旗护卫队以护卫国旗为使命，弘扬爱国主义精神为己任，通过升旗仪式在学生中宣扬爱国主义、集体主义思想，树立良好的爱国主义形象，培养学生的尚武崇军的意志和纪律观念，坚决维护国旗尊严，团结友爱，勤奋学习，自信自强，勇于担当。
光影社南京林业大学光影社是南林唯一的摄影兴趣类社团，始创于1992年，迄今已有26年历史,隶属南京林业大学党委宣传部，是南林的老牌社团。社团每年都会组织各类摄影技术讲座以及“与春书”“夏日的味道”等影赛、影展,积极开展浦口火车站、明孝陵、画家村、南京眼等外拍活动。社员作品在社会各种比赛中屡获大奖,既活跃了学校的艺术氛围,又丰富了师生的文化生活,好评如潮。
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