1.未开票收入不申报，造成少记收入。
综合零售企业具有交易额小、交易量巨大、交易次数频繁、面向个人消费为主的特点，因此存在大量的未开具发票收入。企业可能存在商品已发出，销售货款已收到，但未确认收入的现象。
2.现金收款资金账外循环，延期确认或不确认收入。
3.应视同销售而未做视同销售处理。
综合零售企业将商品用于市场推广或销售、用于交际应酬、用于职工奖励或福利、用于对外捐赠以及其他改变资产所有权属的用途的，应该视同销售额确认商品销售收入，而实际上未做视同销售处理，少确认了收入，影响当期应纳税所得额，少缴税款。
4.顾客积分兑换礼品未确认收入
顾客积分促销是综合零售企业在销售商品时采取的一种常见促销手段，即当顾客消费积分达到某一数值时，综合零售企业会按当初的承诺返还消费者相应的消费券或商品。会计上，积分兑换时，应以顾客兑换的积分数占预期将兑换的积分总数的比例为基础确认收入，借记“合同负债”，贷记“主营业务收入”。这一点税会处理一致。
不过在在顾客积分兑换的同时，还需要根据兑换的对象的不同进行相应的会计处理，这时候税会处理可能存在差异。积分抵减购物款项、积分送消费券情况下，税会处理一致；积分换赠送礼品的，其税务与会计处理规定不一致，会计上计入销售费用，税法上应视同销售，按赠品的公允价值确认收入，但企业可能存在将该笔支出直接计入成本费用，而未按税收规定进行视同销售处理的问题，造成少缴税款。
（二）风险点识别
2.结合原始凭证资料，分析“主营业务收入”等账户贷方发生额，查证收入项目、内容、单价、数量、金额等是否准确，检查“其他应收款”和“其他应付款”等往来账户，查看对应原始凭证。同时，结合商品销售成本结转情况，审核“库存商品”账户，进一步查看“商品出库单”，查明商品的去向和用途。
3.查看存货商品的购进合同、验收入库单据、进项发票，查看商品出库记录、商品销售成本结转情况、与供应商的商品结算核对记录，结合期末库存情况，了解商品的购进与变动，推算企业的收入金额，与会计记录数据进行比对。
二、价税分离不准确
1.商品销售收入未准确进行价税分离或未进行价税分离，造成商品销售收入多记或者少计。
综合零售行业企业销售的商品种类繁多，包括日用百货、针纺织品、家电、服装、文体用品、调味品、熟食、米面粮油、烟酒糖茶、水果蔬菜、鲜活肉蛋水产、图书音像等。这些商品适用的增值税税率不同，有的适用13%、有的适用9%、有的适用免税。如果没有准确进行价税分离或未进行价税分离，将会造成企业的不含税收入不准确，进而可能会造成商品销售收入多记或者少计。
2.劳务收入未准确适用税目、税率，价税分离不准确，造成商品销售收入多记或者少计。
上述费用大多数情况下与商品销量和销售额不挂钩。在这种情况下，不属于平销返利，不冲减当期增值税进项税金，应按增值税的适用税目税率征收增值税。需要严格按照《财政部国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》附件《销售服务、无形资产、不动产注释》（财税〔2016〕36号）中规定的税目，准确适用税率。
例如，零售门店将相对固定的货架或通道给供货商用来展示商品而向其收取的与销售额、销售量不挂钩陈列费用，其实质是商业企业将商场或超市相对固定的位置长期出租给供货商。就需要依据不动产经营租赁服务按照9%的税率或5%的征收率来征收增值税。
但是，如果商业企业向供货方收取的的各种返还收入与商品销售量、销售额挂钩（如以一定比例、金额、数量计算），则均应按照平销返利行为的有关规定冲减当期增值税进项税金。冲减进项税金的计算公式为：当期应冲减进项税金=当期取得的返还资金/（1+所购货物适用增值税税率）×所购货物适用增值税税率。
对于商品销售收入未准确进行价税分离或未进行价税分离的，首先了解企业财务信息系统关于价税分离模块、收入确认模块的参数设置，并评价系统控制的有效性；调取购销合同、销售小票，查看商品销售清单、出库单等，核对税率适用的准确性。
三、投资收益未按规定确认
综合零售企业现金流特别高，一般资金比较充裕。为了提高资金的收益，会经常投资与理财产品或者债券、股票等投资活动。企业可能存在未按规定区分国债利息收入与其他债券利息收入，未按规定确认连续持有期限不满12个月的投资收益，造成不应享受税收优惠而享受了税收优惠。
四、财政性资金未按规定确认
综合零售企业具有交易数量巨大、交易次数频繁、面向个人消费为主的特点，在实际税收工作中尚未完全实现以票控税的征管手段。企业可能存在商品已发出，销售货款已收到，但未确认收入的现象，尤其在电子商务企业中，此种现象可能更为突出。企业会采用在往来科目长期挂账或设置“账外账”的方法隐匿收入，延期确认或不确认收入；或者将购进的商品用于职工福利、对外捐赠等用途而未做视同销售处理，影响当期应纳税所得额，达到少缴税款的目的。
二、积分换礼未按视同销售处理
积分卡促销是综合零售企业在销售商品时采取的一种常见促销手段，即当积分达到某一数值时，综合零售企业会按当初的承诺返还消费者相应的消费券或商品。对于按对应积分赠送商品的情况，其税务与会计处理规定不一致，税收上应按赠品的公允价值确认收入，但企业可能出现将该笔支出直接计入成本费用，而未按税收规定进行视同销售处理的问题，造成少缴税款。
三、财政性资金未按规定确认
四、政策性搬迁收入未按规定确认
五、投资收益未按规定确认
一些经营效益好、资金充裕的综合零售企业出于投资理财的目的经常参与债券、股票等投资活动。企业可能未按规定区分同债利息收入与其他债券利息收入，未按规定确认连续持有期限不满12个月的投资收益，影响应纳税所得额的准确计算。