全国烟草行业实行以烟草专卖制度为基础，以“统一领导、垂直管理、专卖专营”为运行机制，以“一套机构、两块牌子”为组织形式的国家烟草专卖治理体系。
1981年，国务院决定对烟草行业实行国家专营。1982年，中国烟草总公司成立。1983年，国务院颁布《烟草专卖条例》，对全国范围的烟草行业实行高度集中的统一管理，建立国家烟草专卖制度。1984年，国务院批准设立国家烟草专卖局，与中国烟草总公司一套机构、两块牌子。国家烟草专卖局对烟草专卖进行全面的行政管理，中国烟草总公司统一领导、全面经营管理烟草行业的产供销、人财物、内外贸业务。
1991年全国人大常委会通过《中华人民共和国烟草专卖法》，1997年国务院发布《烟草专卖法实施条例》，以法律形式确立和巩固国家烟草专卖制度。
2005年国务院办公厅印发《关于进一步理顺烟草行业资产管理体制深化烟草企业改革的意见》，中国烟草总公司对所属工商企业的国有资产行使出资人权利，承担保值增值责任；2008年国务院下发的国家烟草专卖局“三定”方案，明确国家烟草专卖局管理中国烟草总公司；2009年、2013年和2015年，全国人大常委会先后三次对《烟草专卖法》作出修订。
2020年，中共中央、国务院发布《关于新时代加快完善社会主义市场经济体制的意见》，提出要“完善烟草专卖专营体制，构建适度竞争新机制”。
2021年，国务院发布《关于修改<中华人民共和国烟草专卖法实施条例>的决定》，电子烟等新型烟草制品参照条例中卷烟的有关规定执行。
通过上述措施，国家烟草专卖制度建立并形成巩固，国家烟草专卖治理体系不断健全完善，有力保障了烟草行业持续健康发展。
国家烟草专卖局、中国烟草总公司本级29个部门和专业公司，所属省级烟草专卖局（公司）33个（含大连、深圳），省级工业公司17个；地市级烟草专卖局（公司）450家；县级烟草专卖局（分公司或营销部）2393家；卷烟工厂92家，烟机企业4家，打叶复烤企业23家；在16个国家和地区投资设立境外子公司38家；另有直属科研单位、醋纤等生产企业。目前，全国烟草行业职工总数约51万人，全国有580多万户卷烟零售户、250万烟农，烟草产业涉及2100多万人的直接就业，带动3300余万人间接就业。2023年烟草行业实现工商税利总额15217亿元，同比增长5.6%，实现财政总额15028亿元，同比增长4.3%，全行业资产总额26174亿元、所有者权益22610亿元。