中药的命名方法繁多，以产地、形态、功效命名的较多，也有以人名、气味、避讳等命名，方法丰富多彩，现举例如下:
一、因产地命名
我国幅员辽阔，生态环境各地尽不相同，南北迥异、差别甚大。所以各种药材不论在产量和质量方面,都有一定的地域性，自古以来药物学家都非常重视“地道药材”。所以以产地命名的药物即应运而生。如阿胶，产于山东泰安东阿县，以东阿阿井的水煎黑驴皮而成，所以驴皮胶称阿胶;又如黄连、黄柏、续断等以四川产的为佳，所以称川黄连、川黄柏、川断;橘皮以广东新会产的为佳，所以称新会皮、广陈皮;茯苓以云南产的最好，所以称云苓;砂仁以广东阳春产的质量好,又名阳春砂;地黄以河南怀庆产的最佳，所以称怀地黄;人参主产于东北三省，尤以吉林抚松产的为佳，所以称为吉林参等等，都是因该地所产的药材质量好，疗效高，因而常在药物名称的前面冠以产地之名。
阿胶
二、因形态而命名
中药的原植物和生药形状，往往有其特殊之处，能给人留下深刻的印象，因而人们常常以它们的形态特征而命名。如大腹皮，即以形似大腹而命名；乌头，因其块根形似乌鸦的头而命名；人参的形状像人形，功参天地，故名。罂粟壳、金樱子都是因其形状似罂（口小腹大的瓶子）而得名；牛膝的茎节膨大，似牛的膝关节，所以称为牛膝；马兜铃则因其似马脖子下挂的小铃铛一样而得名：百部其根众多，百余连串而名。
人参
三、因气味而命名
某些中药都有特殊的气味，因而成了药物命名的依据。如麝香，因香气远射而得名；丁香、茴香、安息香、檀香等香料药，因具有特殊的香气，故以“香”字命名；而败酱草、臭梧桐等，则因具有特殊臭气而得名；鱼腥草，以其具有浓烈的鱼腥气味而命名。
鱼腥草
四、因滋味而命名
每种中药都具有一定的味道，某些药物就是以它们所特有的滋味来命名。如五味子，因皮肉甘酸，核中辛苦，全果皆有咸味，五味俱全而得名；甘草以其味甘而得名；细辛以味辛而得名；苦参以其味苦而得名；酸枣仁以其味酸而得名。
酸枣仁
五、因颜色而命名
许多中药都具有各种天然的颜色，因而药物的颜色就成了命名的依据。如色黄的中药有黄芩、黄连、黄柏、黄芪、大黄等；色黑的中药有乌玄参、黑丑、墨旱莲等；色白的中药有白芷、白果、白矾、葱白、薤白等；色紫的中药有紫草、紫参、紫花地丁等；色红的中药有红花、红枣、红豆蔻、丹参、朱砂、赤芍等；色青的中药有青黛、青皮、青蒿等；色绿的中药有绿萼梅、绿豆等。
黄连
六、因生长季节而命名
如半夏在夏季的一半(农历五月间)采摘，所以称作半夏；夏枯草、夏天无等都是生长到夏至后枯萎，所以冠以夏字；金银花以花蕾入药，花初开时洁白如银，数天后变为金黄，黄白相映，鲜嫩悦目，所以名金银花，其中以色白的花蕾入药为好，所以简称银花；冬虫夏草是指冬虫夏草菌寄生在蝙蝠蛾科昆虫蝙蝠幼虫的菌座，因夏天在越冬蛰土的虫体上生出子座形的草菌而得名。
冬虫夏草
七、因进口国名或译音而命名
某些进口药材是以进口国家或地区的名称来命名的。如暹罗角，暹罗是泰国的古称，从泰国进口的犀角就称暹罗角。安息香、苏合香就是以古代安息国、苏合国的国名来命名。有的在药名上冠以“番”、“胡”、“西”等字样，以说明当初并不是国产的药物，如番泻叶、番木鳖、胡椒、胡麻仁、西红花、西洋人参等。有些外来药，由于没有适当的药名，则以译音为名，如诃黎勒、曼陀罗等。
西红花
八、因避讳而命名
在封建时代，为了避帝王的名讳，药物也改换名称。如延胡索，始载《开宝本草》，原名玄胡索，简称玄胡，后因避宋真宗讳，改玄为延，称延胡索、延胡，至清代避康熙(玄烨)讳，又改玄为元，故又称元胡索、元胡。玄参一药，因避清代康熙(玄烨)讳，改“玄”作“元”而得元参之名。山药原名薯蓣，至唐朝因避代宗(名豫)讳改为“薯药”，至宋代又为了避英宗(名曙)讳而改为山药。
玄参
九、因人名而命名
何首乌
十、因秉性而命名
如肉苁蓉，为肉质植物，补而不峻，药性从容和缓，所以名肉苁蓉；急性子因秉性急猛异常而得名：王不留行性走而不守，其通经下乳之功甚速，虽有帝王之命也不能留其行，故名王不留行；沉香以体重性沉降，入水沉于底者为佳。其他还有如浮小麦浮于水上者、磁石有磁性、滑石性滑腻、阿胶呈胶状；威灵仙即性猛效灵如仙得名；莨菪有毒，中毒者狂浪放宕等命名均与秉性有关。
莨菪
十一、因药物突出的功效而命名
如益母草功善活血调经，主治妇女血滞经闭、痛经、月经不调、产后瘀阻腹痛等，为妇科经产要药；防风功能祛风息风，防范风邪，主治风病；续断功善行血脉，续筋骨，疗折伤，主治筋伤骨折；覆盆子能补肾助阳，固精缩尿，善治肾虚遗尿尿频、遗精滑精；决明子功善清肝明目，主治眼科疾病，为明目佳品；千年健能祛风湿，强筋骨，主治风寒湿痹兼肝肾亏虚，腰膝酸痛，痿软无力；远志能益智强志；大风子治大风（癞疾)等，都是以其优良的功效而命名的。