前者是商业企业，后者是工业企业，是平行关系。烟草公司司职烟草价值链首尾两端也就是烟叶采买与卷烟营销;卷烟厂则在中间环节，负责卷烟生产。烟草公司采购烟叶卖给卷烟厂，卷烟厂生产完香烟卖给烟草公司营销，二者都是企业，不是事业单位。
烟草公司、烟草专卖局的关系：
中国烟草专卖局和中国烟草总公司是两块牌子一家人，下辖各直属公司和各省烟草公司各省级烟草公司分工业公司和商业公司。鉴于烟草产业的特殊性，烟草专卖局进行烟草专卖制度的维护，具有行政职能。烟草公司的叫法一般都是xx烟草专卖局(公司)。行政职能主要由烟草专卖局(公司)内的专卖部门承担。
总体来说，中国烟草体制实行了工商分离，即生产和销售分离的形式，如下：
【中烟工业公司】烟厂合并组成中烟工业公司，主要从事卷烟生产，也就是负责烟草生产，属于生产企业。
【烟草公司(烟草专卖局)】烟草公司的商业流通这块与市场管理的烟草专卖局合并组成新的烟草专志专卖局(公司)，主要负责烟草专卖，烟叶的种植收购和卷烟的销售。
简单来说，两者的区别主要分以下几点：
1、卷烟厂是工业企业，烟草专卖局是商业企业(以后有可能改制为工商局性质的政府部门);
2、卷烟厂生产烟，但不能卖(卖就违法)，专卖局销售烟;
3、卷烟厂只能把自己生产的烟以调拨价卖给烟草局，烟草局则把卷烟批发给广大个体零售户，然后在买到消费者手中;两者之间并非竞争对手，而是一种利益调整的关系。
4、消费者不能直接到烟草局买烟，也不能到烟厂买烟;
5、烟草局把从农民手中的烟叶卖给烟厂，烟厂不能直接到农民手中收购烟叶;
6、烟厂不一定每个地方都有，烟草局是小到每个县都有;
7、烟厂是二级法人。烟草局有四个级别：国家烟草局、省烟草局、市烟草局、县烟草局。一级管一级：一般是国家局管烟厂和省烟草局、省管市、市管县。真正有资格从烟厂进烟的一般是市烟草局以上，县烟草局没有资格到烟厂直接进烟卖。
【烟草公司与卷烟厂】前者是商业企业，后者是工业企业，是平行关系。烟草公司司职烟草价值链首尾两端，也就是烟叶采买与卷烟营销;卷烟厂则在中间环节，负责卷烟生产。烟草公司采购烟叶卖给卷烟厂，卷烟厂生产完香烟卖给烟草公司营销，二者都是企业，不是事业单位。
由于烟草是垄断经营，烟草专卖局是烟草国家管理机构，烟草公司是为了政企分家而成立的，每个县级市都有设立，垄断该地区的所有烟草销售，是烟草的销售商。烟草集团是直接制造烟的企业，称作集团是因为烟厂都比较大，比如红塔集团，白沙集团，是烟草的制造商。
烟厂的待遇是不错的，如果是一线的制烟工作，由于辛苦，每年下来工资奖金5w+,是有的。比较好的职位是销售，或者采购，销售的好处是由于烟草是垄断经营，每个烟草品牌都有较为传统的销售区域，实际上销售压力并不是很大，按步就班的收入也能不错。
烟草公司和中烟工业分属同一行业的上下游，两者市场及工作内容上略有重叠，在中国烟草行业发展态势良好的今天，无论进烟草公司还是进中烟工业对应届生来说都是很好的职业选择!