京东自营和官方旗舰店，除了商业模式不同外，物流、售后、以及扶持流量都有所不同。
先来了解下两种商业模式，B2B和B2C
B2B：全称是Business-to-Business，指企业与企业之间的商业模式，进行电子商务交易的双方都是商家。
B2C：全称是Business-to-Consumer，指企业直接与消费者之间的商业模式，也是服务商业的零售模式。
“京东自营”走的是B2B和B2C模式，也就是厂家把商品卖给京东（B2B），京东再把商品卖给消费者（B2C）。
京东自营可以比作一个大型超市（比如：永辉超市、家乐福等），京东找厂家进货，然后卖给消费者。
物流：京东自己的物流“京东物流”，选择最近仓库发货，可以快速送货。
售后：京东售后，售后问题可以咨询京东官方。
流量：肯定优先推荐自家的京东自营产品，给予最多的流量和活动。
某商品的“京东官方旗舰店”，其实也就是商品厂家自己在京东开的旗舰店铺，是属于B2C模式，厂家直接卖给消费者，由厂家自己运营和销售。
官方旗舰店可以比作大型超市里面的专柜或小商铺（比如：永辉超市里面的某化妆品专柜）。
物流：一般是厂家自己选择的第三方物流，第三方物流配送速度较慢。也有部分厂家使用“京东物流”。
售后：厂家自己的售后。
流量：相比京东自营没有太大的优势，流量相对较少。
总结：
“京东自营”是京东官方的，“官方旗舰店”是属于商品厂家的，都要接受京东官方的监督管理，以及开店时的资质审核。
个人认为，大的品牌“京东自营”和“官方旗舰店”的商品其实都是有保障的、有问题可以找对应售后解决，但对于小品牌、杂牌等开的“官方旗舰店”的商品，建议还是选择“京东自营”的比较好，当然“京东自营”的一般比非自营的贵些。
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