营改增后至印花税法实施前，印花税的计税依据是否包含增值税，始终是业界讨论的热点问题。印花税法第五条明确，应税合同和应税产权转移书据的计税依据均为所列金额，不包括列明的增值税税款。
一般来说，在企业实际经营中，合同所列金额有两种情况：一种是仅列一个金额，此时无论合同所列金额是否包含增值税税款，均以合同所列的这一金额作为印花税的计税依据；另一种是合同包含两个金额，即除合同约定总金额外，还单独列明增值税税款，部分合同进一步拆分为不含税销售额和增值税税款。此时，根据印花税法第五条，印花税的计税依据不包括单独列明的增值税税款，仅以不含税金额作为计税依据。
例如，2023年5月，A公司向B公司购买一台设备，双方签订合同约定总金额为113万元；同月，A公司与C公司签订购买器械的合同，约定含税金额亦为113万元，且在合同中记载了增值税税款为13万元。已知A公司印花税属于按季度申报，买卖合同的印花税税率为万分之三，且A公司、B公司、C公司均为增值税一般纳税人。
A公司与B公司所签订的设备买卖合同未列增值税税款，只有总金额113万元，那么，计税依据为113万元，也就是说，A公司购买设备应缴纳印花税为1130000×0.03%=339（元）。
A公司与C公司签订的器械买卖合同中，列明不含税金额100万元，又列明了增值税税款13万元，依据政策规定，印花税计税依据不含列明的增值税税款，即为100万元，A公司应缴纳印花税1000000×0.03%=300（元）。
合同所列金额与结算金额不一致
情形一：金额不一致，所列凭证金额未变更。例如，6月初，D公司与E公司签订了货物买卖合同，合同约定金额为20万元，合同约定执行政府定价。6月底，因政府价格调整，实际货款结算金额为18万元，双方未对合同金额进行修改。也就是说，合同所列金额与结算金额不一致，同时未变更合同所列金额。《财政部税务总局关于印花税若干事项政策执行口径的公告》（财政部税务总局公告2022年第22号，以下简称22号公告）明确，此时应以合同所列金额为计税依据，即应以20万元作为计税依据，D公司与E公司均应缴纳印花税为200000×0.03%=60（元）。
情形二：金额不一致，所列凭证金额已变更。例如，3月，F公司与G公司签订的买卖合同约定金额为50万元，且已按规定申报缴纳印花税150元（500000×0.03%）。6月，因移送时货物损坏较多，实际结算金额为45万元，当月签订补充合同，将原合同约定金额改为实际结算金额。
在不考虑其他因素的情况下，根据22号公告，变更后所列金额减少的，纳税人可以就减少部分的金额向税务机关申请退还或者抵缴印花税。即F公司可以申请退还多缴的印花税50000×0.03%=15（元）。需要注意的是，F公司如果是以贴花的形式，完成印花税纳税义务，由于印花税税票是在骑缝处盖戳注销或者画销的，因此无法退还、抵缴税款。所以，当合同涉及金额有变动时，纳税人需要及时签订补充协议，既可以准确计算印花税税款，又可以避免其他经营风险。
多方当事人共同书立合同
日常生活中，合同多为双方签订，但也有一些印花税应税凭证，如多人合租、多个承包方承包建筑工程等，涉及多个当事人。对此，印花税法和22号公告规定，同一应税凭证由两方以上当事人书立的，按照各自涉及的金额分别计算应纳税额；对涉及两方以上且未列明各自涉及金额的，计税依据以纳税人平均分摊的应税凭证所列金额确定，也不包括列明的增值税税款。
例如，李某将自有上下两层的商铺出租给张某、孙某、王某，签订合同约定年租金共计22万元，其中张某租用第一层租金为12万元；第二层由孙某和王某共用，租金共计10万元。基于此，四位当事人均为印花税纳税人，租赁合同税率为千分之一，依照印花税计税原则，李某应就合同全额缴纳印花税，缴纳220000×1‰=220（元）；张某就涉及的12万元缴纳印花税，缴纳120000×1‰=120（元）；由于第二层商铺由孙某和王某共用，合同中未列明各自所承担金额，按政策规定，双方应平均分摊所列金额10万元，所以，最终孙某与王某分别确定的计税依据则为5万元，孙某、王某分别缴纳印花税50000×1‰=50（元）。
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