总体来说，我阅读文献和写笔记的融合度非常高，因此会很期待两件事在一个软件中进行，这样既可以避免不同软件的反复切换，也可以更方便快捷地找到自己想要的文献或笔记。Zotero目前所可以实现的文献与笔记联动功能完美地解决了我的这些痛点，而其他软件暂时无可替代。尽管它的笔记功能和其他专业的笔记软件相比仍然比较简单，不过基本的文本编辑、创建链接、导出等功能已经满足了我的基本需求，更复杂的链接或可视化功能我也可以暂时放弃。因此，我开始尝试将文献和笔记allinZotero。
二、解决痛点：文献和笔记管理的联动
2.1文献和笔记统一管理
在Zotero中做笔记最直接的便利就是可以统一管理文献和笔记。如图1所示，pdf文档和与该文档直接关联的所有笔记都汇总在同一条目下，只要找到文献条目，就既可以找到pdf又可以找到所有笔记。
图1文档和笔记统一管理
而且，Zotero的主面板上提供了标题、作者、年份、期刊等更丰富、全面的信息（见图2），因此可以通过更多不同的信息来搜索我们需要的信息。那么，当笔记也在同一个系统中管理时，我们同样可以通过这些信息帮助我们找到需要的笔记。
图2Zotero主面板示意
图3文档和笔记在Zotero中同时打开
另一方面，从笔记也可以直接回到文献中去，甚至可以直接定位到具体页面，只需在做笔记时如图4所示，注意添加引用即可。
图4从笔记回到文档的选项
上面所说的三点结合起来使用，使得文献和笔记在同一个软件中形成了有效的互动，既方便管理，又很好地解决了我边读论文边写笔记需要来回切换软件和多次搜索的痛点。
图5通过注释添加条目笔记
2.3一键添加单条批注到笔记
Zotero也提供了单条批注直接添加到笔记中的功能，在不通读论文的时候，我往往会使用这一功能。如下面几个截图所示，高亮、截图或自己添加的批注都可以通过“添加笔记”一键加到笔记中。
图6选中文本后高亮
图8以图片形式截取部分内容
将上面所示的各类标注通过“添加笔记”加到笔记之后的效果如图10所示，默认会按照添加到笔记的顺序（并非在文档中的顺序）排列。除了免去自己复制粘贴的麻烦之外，笔记中的这些信息还可以显示出你所使用的颜色，这样可以很清楚地通过颜色来呈现不同的引文对自己的意义。
图10从pdf标注到笔记
图11引文标示及回到原文
综合“通过注释添加条目笔记”和“添加笔记”功能，方便我将阅读时做的批注和后续的笔记整理联动起来，我不再需要来回寻找批注，还担心疏漏，也不必一条一条手动复制粘贴，Zotero还为我们自动保留了引用信息和颜色标识。总体来说，在Zotero中统一管理文献和笔记，更好地实现阅读和写作的互动，完美地解决了我的主要痛点。
三、进一步优化：ZotCard和BetterNotes插件
图12Zotero笔记库
不过，Zotero作为开源软件，我们可以通过各种插件来完善使用体验，比如说，ZotCard和BetterNotes这两个插件就提供了可视化笔记关系的初步方案。
ZotCard
ZotCard提供了以卡片的形式平铺陈列笔记的效果，如图13这样，对比图12，现在不仅可以看到笔记标题，还可以看到部分笔记内容，也可以通过如笔记类型、标签、关键字、创建日期等等条件筛选，仅列出部分笔记卡片。
图13ZotCard效果
这种平铺卡片的形式在一定程度上模拟了我们使用纸质卡片的效果，也是我一直以来十分期待的功能。想要更好地利用它，或许可以通过设置标签进行筛选，我个人的倾向是从完成度、主题、项目三个维度来设置。另外，因为页面大小有限，所能直接呈现的内容也有限，比如图13直接看去内容是相当混乱的，可以得到的有用信息也是很有限的，那么在日后的使用中我可能会继续思考将哪些信息放在一张笔记卡片的最前面，方便同时阅览各个卡片的核心内容。我同样也会期待这个插件的进一步开发，比如说提供每张卡片大纲/标题折叠视图，更多样乃至更自由地摆放卡片的方式等等。
BetterNotes
BetterNotes可以帮助梳理笔记内部的结构，也可以在一定程度上辅助梳理笔记间的关系。对设置为“工作区笔记”的笔记结构提供了大纲（图14）、脑图/思维导图（图15）、网络图（图16）这三种呈现方式，以BetterNotes官方使用说明的结构为例：
图14大纲图
图16网络图
首先，你可以将新创建的笔记或已有笔记设置为“工作区笔记”。如图17所示，“工作区笔记”是图片左半区显示的BetterNotes的用户指南，将右半区选中的这篇笔记“设为工作区笔记”，就可以实现图18，这时我的“工作区笔记”就变成了“工作区笔记示例”这篇。
图17设为“工作区笔记”
图18新“工作区笔记”示例
随后可以根据自己的需要通过图19中红圈所示的按键直接向工作区笔记中插入另一条笔记的链接，而且还可以选择插入的章节位置。插入后就可以看到工作区笔记出现了一个链接，显示的是对应笔记的标题，大纲中也有所体现，无论直接在笔记中点击链接还是在大纲中点击链接，都可以链回原笔记。同时，原笔记下方还出现了反向关联的说明，即在“工作区笔记示例”中引用。
图19向“工作区笔记”添加笔记链接
当我们再多添加一些笔记链接之后，笔记间的关系也会更加复杂，网络图也变得更加复杂，如图20中即呈现出了笔记间的关联。而且，直接在左侧结构图中点击关联的笔记，右侧面板也会立即呈现对应的笔记原文。
图20笔记关系网络图示例
总体看来，BetterNotes的功能也还比较有限，不能帮助我们呈现笔记间复杂的关联网络，因此，我觉得即便借助这些插件，Zotero暂时还无法像RoamResearch，Obsidian这类笔记软件那样作为我们的思维工具。但是，根据上面展示的功能，插件的辅助可以比较好地帮助我们做一些结构化的梳理工作，比如说写文献综述，比如说有了一些想法和材料之后方便调整组合成完整的论证等等。
四、我在Zotero中的笔记系统
4.1研究日志/DailyNotes
我在使用RoamResearch和Obsidian时，对DailyNotes有非常强的依赖，在Zotero中我则通过BetterNotes的“工作区笔记”功能，将DailyNotes直接设置为“工作区笔记”，记录自己的研究日志，每次打开Zotero就可以直接进入日志，确定自己要看的论文或完成的笔记等等。
不过，由于Zotero中笔记间关联的操作有限，笔记间的互动也相应受限，因此我在Zotero的这个日志中只做日程性的计划和回顾总结，而不再像在其他软件中在DailyNotes上既做日程管理，又做灵感的随手记。
此外，“工作区笔记”可以理解为我们的工作台，在目前的版本中只能设置一篇笔记作为我们的“工作区笔记”，那么，如果将研究日志设为“工作区笔记”，就不能再同时将其他笔记设为“工作区笔记”了。一种解决方案是在需要的时候将“工作区笔记”切换为别的笔记即可。不过，我在实际使用中发现其实也没有必要。因为，首先，Zotero中所有笔记都提供了在独立窗口编辑的功能，其实也相当于我们为自己建立了一个“工作区”。其次，即便不建立“工作区笔记”，我们仍可以建立笔记间的关联，只是操作上要多一步，不像图19展示的那样一键添加链接，而是先如图21所示复制笔记链接，然后再粘贴到其他位置，这一操作并没有太麻烦。
图21复制笔记链接
4.2写笔记：从闪念笔记到长青笔记
4.3管理笔记：项目式管理
当我将笔记系统也整合进Zotero中，笔记库和文献库合一，因而不用特殊的设置，就实现了主题式与项目式的结合。在Zotero中操作时，我会通过“添加独立注释”来创建项目笔记（图22），并将新建立的项目笔记直接保存在当前项目的文献库中（图23）。
图22添加独立注释
图23项目文献库与项目笔记
五、Zotero笔记系统不足与期待
上文谈了Zotero实现了文献与笔记管理的互动给我带来的巨大便利，我的基本需求在Zotero中也可以满足，因此我逐渐转移了笔记系统。不过，它毕竟不是专业的笔记软件，目前至少还有一些我认为很重要的功能它没有，大家在考虑是否要转移的时候还需要慎重考虑自己的笔记习惯。
首先，尽管Zotero的移动端目前已经比较友好了，但在并没有快速创建随手笔记，或快速捕捉（quickcapture）的功能。这一点在电脑端有办法解决，比如说创建一个独立的inbox笔记条目，每天打开zotero的时候就用独立窗口打开这条笔记。但在移动端的操作体验就没有那么顺滑，而使用移动端的场景才是我们最需要随手记的场景，所以我现在还是会使用flomo作为我的随手记工具，按需定期整理。
再次，从图19和图20可以看到，Zotero也实现了反向链接的功能，即A笔记链接到B笔记之后，在A笔记中会显示在B笔记中提及。但是Zotero目前的反向链接并不是实时同步的，每建立一次链接就会在原笔记中显示一次，如图24所示。注意，不仅仅是你在一篇笔记多处引用它会多次提示，而且创建链接后删除，原笔记中建立的反向链接提示仍会保留下来，图24的例子中多出了三条提示，是我删除了三次链接后的结果。
图24多次重复反向链接
六、结语
总体来看，Zotero中阅读和管理文献、笔记与文献的联动功能已经很强大，目前基本满足了我的需求，还实现了我文献和笔记allinone的梦想。不过Zotero及其插件目前可以实现的功能和一些专用笔记软件相比，仍有劣势，如缺少快速捕捉功能、操作颗粒度大、反向链接功能简单等，尚不能作为很好的思维工具来使用。如果你的工作需求和我类似，不妨尝试一下Zotero里记笔记；如果不是，还是需要认真考虑自己的日常需求，选择适合自己的笔记软件。