搞生物、基础医学同学如果对生命科学领域所有软件都了如指掌，那做事情必然会事半功倍。且听我给您一一道来。
下面的内容比较多，平时可以将下面的内容作为目录来收藏，权当做工具辞典来用。
Genalysis：比较基因组或大量基因序列的工具软件
RNAdraw：RNA二级结构分析软件
RNAstructure：预测RNA级结构图
RnaViz：RNA二级结构图绘制程序
ANTHEPROT：蛋白序列分析软件包
pSAAM：蛋白序列分析软件包
VHMPT：螺旋状膜蛋白拓扑结构观察与编辑软件
aminoXpress：免费的多功能蛋白分析软件包
linpath.zip：线性酶反应模拟软件
protlab：蛋白质纯化仿真软件
MOLMED.ZIP：生化基础概念演示教学程序
Biochem：生化教学文件
photo：光合作用教学程序
Adrenalin：肾上腺素在肝糖原代谢中的作用演示
VirtualCellLab：多媒体细胞生物学教学程序
brd.zip：生物反应器(发酵罐)设计软件
BioStat：BioStatB发酵罐控制程序
PenSimv：青霉素发酵模拟软件
BioProSim：发酵实时模拟软件
vised：序列输入分析和格式转换软件
ForCon：多序列文件格式转换软件
SeqVerter：序列格式转换软件
GeneStudioLEVersion：序列格式显示、编辑与转换工具软件
FASTA/BLASTSCAN：FASTA与BLAST查询输出文件的处理软件
RevComp：序列格式转换软件
primerPremier5.0：引物设计工具
Oligo：引物分析著名软件
PrimerDesigner：专门用pASK-IBA～pPR-IBA表达载体免费的引物设计辅助软件
ArrayDesigner：批量设计DNA和寡核苷酸引物工具
BeaconDesigner：PCR定量分析分子信标(Molecularbeacon)设计软件
NetPrimer：基于WEB界面的引物设计程序
pcgene：分子生物应用软件
MACAW：多序列构建与分析软件
ClustalW：用来对核酸与蛋白序列进行多序列比较的软件
ClustalX：ClustalWWindows界面程序
FASTA：数据库中查找同源序列软件
BLAST与Blastcl3：数据库中查找类似序列的软件及客户端软件
SeqPup0.9：生物分子序列编辑与分析软件
K-Estimator5.5：进化基因学研究软件，评估两条核酸序列核苷酸替代数
BioEdit：序列编辑器与分析工具软件
DAMBE：综合性序列工具软件
LaserGene：综合性序列工具软件
SeaView：图形化多序列队列编辑器
Jalview：用Java语言写的多序列队列编辑器
DNASIS：序列综合分析工具
GenamicsExpression：是一个DNA与蛋白序列分析工具
VectorNTIViewer：载体查看软件
Jellyfish：多功能序列分析软件
ProSeq：核酸序列编辑与种群遗传学分析软件
Gap4databaseviewer：Gap4基因装配数据库读取显示软件
SMS：DNA与蛋白序列分析与格式化在线工具集合
Omiga：核酸与蛋白序列综合性分析软件
Staden：综合序列分析工具软件包
VectorNTISuite：综合性蛋白核酸分析工具包
INCA：Java脚本语言写成的BLAST服务器客户端程序
ISYS：NCGR开发的用JAVA语言写成的数个不同类生物信息软件与数据库的软件集合平台
DNAScriptor：DNA与蛋白序列综合分析软件
SequenceQuickie-Calc：非常紧凑的分子生物学工具软件
PhyloGrapher：用来显示与研究相类似的基因与蛋白序列之间的进化关系的软件
phylip：进化树分析软件，并可绘制进化树
PlasmidProcessorPro：绘制质粒图软件，与PlasmidProcessor是同一个作者
WinPlas：质粒绘图软件商业版
DMUP：环状质粒绘图软件测试版
PlasmidToolkit：质粒绘制软件
pDRAW：DNA分析与绘图软件，可绘制线性或环形DNA图
RedasoftVisualCloning：是有名的绘制质粒图RedasoftPlasmid1.1软件的升级版
SimVector：质粒图绘制软件
ImageJ：用Java语言写成的科学用途的处理图像软件
CrossChecker：基因指纹图分析软件
ALFmap：ALF(AmershamPharmacia)图像格式转换软件
BandLeader：凝胶图像处理软件
Scionlmage：图像处理与分析工具
OSIRIS：通用医学图像处理与分析软件
Melanie3Viewer：免费Melanie图像查看器
SmartDraw：流程图绘制软件演示版
GIMPWin：图像处理自由软件
ChromoZoom：比较两个图像的相同与不同之处软件
bandscan：蛋白凝胶电泳图像分析软件
SigmaScanPro：图像分析软件30天全功能演示版
SigmaGel：凝胶图像分析软件
TotalLab：图像分析软件
Lablmage：凝胶图像分析软件
GelDiff：定量比较两个2D凝胶图像的不同之处的JAVA软件
QuantiScan：使用简单功能专一的凝胶扫描、分析软件
PDQuest：分析2维凝胶并生成数据库的标准软件
CurveExpert：用于ELISA标准曲线拟合的软件
PatentIn：用于将序列专利提交给美国国家专利与商标局的辅助软件
Checker：用于将序列专利提交给美国国家专利与商标局的辅助软件
ica32t.exe：中国生物学文献数据库检索客户端软件
PathDB检索程序：(代谢途径数据库)检索程序
PubCrawler：Medline文献库与GenBank核酸序列库检索软件
NetRoseBrowser：PDG格式浏览器
BookExpress：专门用于超星数字图书下载的工具软件
EndNote：专业参考文献查询软件
ReferenceManager：专业参考文献查询软件
Procite：参考资料检索管理软件
Sequin：数据库GenBank，EMBL，DDBJ查询软件
MiniViewer：数图阅览器
Compresslt：JBG(NLC)」JPG转换功能软件
Refs：参考文献管理软件
ScholarsAid：文献参考资料等日常资料的整理软件
paperworks：免费的参考文献管理软件
KD：知识仓库建库管理系统
ScanAlyze：进行微矩阵荧光图像分析软件
Cluster：对大量微矩阵数据组进行分析处理的软件
TreeView：用图形来显示Cluster软件分析的结果软件
AMAD：微数组数据库
ArrayMakerv：Stanford大学Brown实验室提供的基因芯片研究全套设备相配套的软件与文档
J-Express：分析微矩阵(Microarray)实验获得的基因表达数据的软件
digitizer：图形数字化软件，可以将曲线图转化为数据与等式
GraphPaper：坐标纸打印软件
DynaFit：酶动力学数据或配体—受体结合数据处理软件
Migrate：从遗传学角度，估算人口移民率程序
arlequin：人口遗传学软件
正交设计助手：正交实验设计辅助工具软件
FBAT：家族遗传相联检验的统计程序
GGT32：图形化基因型表示软件
CERVUS：使用共显性标记数据推断亲缘关系的软件
Jarnac：代谢过程模拟软件包
Gepasi：化学与生物化学反应动力学仿真与优化软件
BCT：微生物趋向性模拟程序
StochSim：随机生物化学反应模拟软件
Bio_MW：生物化学分子量计算软件
MatchCode：将蛋白和核酸序列进行简单匹配和格式化输出的中文软件
MapManager：回交、杂交与重组自交系分析遗传作图实验结果的软件
MolEco：以遗传学方法评估杂乱交配频率的软件
Canvas：绘图软件
免疫室管理系统：中文免疫室综合软件
Cyrillic：家谱绘图软件
FrozenCellStockMonitor：用来管理储存在液氮容器中的生物样品(例如细胞系、血清等等)的程序
MICE：虚拟动物饲养设施，用来帮助管理饲养设施中的实验动物软件
DBsolve：代谢及酶—受体结合模拟软件
boxit：管理生物样品的数据库系统
GRR：检测系谱误差(pedigreeerrors)的应用软件
健康药霸：药典类的软件
AceDB：基因组数据库软件
MAPL98、DIAL98与GEST98：El本学者编制的几个统计基因学(StatisticalGenetics)软件
PED：系谱(Pedigree)绘制软件
PEDRAW：系谱(Pedigree)绘制软件
quantiRT：内置宏程序，用来辅助定量RT-PCR实验的Excel文件
BateView：管理与追踪小型的实验鼠生殖群体的Excel文件
MassXpert：帮助科学家预测与分析从蛋白组学研究中获得的蛋白质质谱数据的软件
MestRe-C与MestRe-CnD：分析、显示与仿真1D与2D磁共振图谱的软件
ACD/SpecViewer：免费光谱数据显示软件
ACD/CNMRViewer：ACD/HNMR用来显示ACD/NMRPredictors预测的所绘化学结构式
Viewer：磁共振图谱文件的免费软件
WinMDIver：分析流式细胞仪数据文件的免费软件
TestDNA：根据已知成分值生成细胞周期FCS文件的免费工具软件
Cylchred：细胞周期分析(CELLCYCLEANALYSIS)软件
gX-PathVision：生成、编辑与显示生物代谢途径的工具软件
生物五笔：生物医学专业输入法
ACD/ChemSketch及ChemBasic：绘制分子结构的免费软件5.0版本及其汉化版
clip.zip：化学图片集，含有近400幅与化学有关的GIF图片
ISISDRAW：绘制化学结构式的免费软件
AutoNom：ISIS／Draw软件的插件(自动生成符合IUPAC命名规则的化合物名称)
ChemWindows：绘制化学结构式的免费软件
MarvinSketch：JAVA语言编写的小巧好用的化学结构式绘制程序
ACD/StructureDrawingApplet：绘制化学结构式免费JAVA小程序
ChemPen：绘制化学结构式软件
ChemPen+：绘制化学结构式软件
hxfc.zip：化学方程式配平软件
cmcalc10.exe：化学试剂制备计算器
alkne.exe：有机化学命名练习程序
chembl32.zip：Windows95下的免费化学方程式配平程序
periodic.zip：小巧的元素周期表
ptab32.zip：高级元素周期表
CAF：计算机辅助配方软件
CFT：化学式教师
元素屋：查询112种元素的各个信息的中文软件
化学反应方程式编辑器：制作化学反应方程式、离子方程式、分子式、离子式等
CRS：化学反应方程式配平器
ModelChemLabv：化学实验教育软件及其汉化版
periodic.exe：免费的元素周期表
化学品电子手册：一个综合性的化学品手册
sewer：网上常用在线工具集合，本地版
DAS：蛋白跨膜预测服务器、输入蛋白序列，预测跨膜区域
TopPred：蛋白预测服务器提供的膜蛋白拓扑学预测在线工具
SOSUI：膜蛋白分类和二级结构预测在线工具
PSIpred-MEMSAT：进行二级结构预测与跨膜拓朴结构预测
HMMTOP：预测蛋白序列的跨膜螺旋与拓扑结构服务器
SMART：提供蛋白序列，在结构域数据库中查询/显示出其结构域及跨膜区等
TMpred：预测蛋白序列跨膜区
TMHMM：预测蛋白的跨膜螺旋
ThePredictProteinserver：提供蛋白数据库查询，预测蛋白各种结构的服务
SPLIT：膜蛋白二级结构预测服务器
PRED-TMR：提供基于SwissProt数据库统计分析的预测蛋白跨膜片段的服务
CoPreThi：基于INTERNET的JAVA程序，预测蛋白的跨膜区
TMAP：提供预测蛋白跨膜片段的服务
DNAsequenceanalysis：巴斯德研究所提供的常用特征序列查询工具
SearchGenesandCodingRegions：巴斯德研究所提供的常用DNA在线分析工具
OligonucleotideCalculator：巴斯德研究所提供的基因与编码区查找工具
解链温度计算器：JAVA语言写的寡核苷酸计算器，给出核酸序列，计算GC百分比、解链温度、长度、分子量。可以下载后使用，当小计算器
BCMgene-finder：核酸序列查找服务器，提交核酸序列，选择相应的数据库，进行序列查找