1.UniProt(TheUniversalProteinResource)
简介：由EBI(欧洲生物信息研究所)、PIR(蛋白信息资源)和SIB(瑞士生物信息研究所)合作建立而成，提供详细的蛋白质序列、功能信息，如蛋白质功能描述、结构域结构、转录后修饰、修饰位点、变异度、二级结构、三级结构等，同时提供其他数据库，包括序列数据库、三维结构数据库、2-D凝聚电泳数据库、蛋白质家族数据库的相应链接。
2.PIR(ProteinInformationResource)
简介：致力于提供及时的、高质量、最广泛的注释，其下的数据库有iProClass、PIRSF、PIR-PSD、PIR-NREF、UniPort，与90多个生物数据库(蛋白家族、蛋白质功能、蛋白质网络、蛋白质互作、基因组等数据库)存在着交叉应用。
3.BRENDA(enzymedatabase)
4.CORUM(collectionofexperimentallyverifiedmammalianproteincomplexes)
5.CyBase(cyclicproteindatabase)
简介：环状蛋白数据库，提供环状蛋白的序列、结构等数据，提供环化蛋白预测服务。
6.DB-PABP
7.IUPHAR-DB
简介：G蛋白偶联受体、离子通道数据库。提供这些蛋白的基因、功能、结构、配体、表达图谱、信号转导机制、多样性等数据。
8.GLIDA
简介：G蛋白偶联受体-配体数据库，提供G蛋白偶联受体-配体互作数据、配体数据、G蛋白偶联受体数据、同源受体关系网、保守识别区，为新药发现提供了支持。
9.LOCATE
简介：哺乳动物蛋白质亚细胞定位数据库
10.InterPro
简介：蛋白质综合数据库，从大量的数据库中整合而成的包括蛋白质结构域、蛋白质家族、功能位点等信息的数据库。
11.OKCAM
简介：人体细胞粘附分子数据库。
二蛋白质组数据库
1.GELBANK
简介：提供全基因组的二维凝胶电泳图谱，搜集了已知基因组信息生物的蛋白质组二维凝胶电泳图。可通过描述相对分子质量、等电点和蛋白质序列信息进行快速检索。
2.SWISS-2DPAGE
简介：提供人类、小鼠、大肠杆菌、酿酒酵母、盘基网柄菌的2D-PAGE参考图。
3.SysPIMP(SystematicalPlatformforIdentifyingMutatedProteins)
4.Sys-BodyFluid
简介：人体体液蛋白组研究数据库。提供人体各种体液的蛋白质组数据，包括血浆/血清、尿液、乳汁、泪、汗液、唾液、骨髓液、脑脊液、胃液等。
5.BloodExpress
简介：小鼠造血过程基因表达数据库
6.CentrosomeDB(humancentrosomalproteinsdatabase)
简介：人体中心体蛋白数据库
7.ConsensusPathDB
简介：人类功能作用网络数据库，与多个数据库有交叉应用，提供蛋白质互作、生化反应、基因调控等作用网数据。
8.ProteomeAnalysisDatabase
简介：蛋白质组分析数据库
9.HPRD(HumanProteinReferenceDatabase)
简介：人体蛋白文献数据库
10.NOPdb
简介：核仁蛋白组数据库
11.EndoNet
三蛋白质互作、蛋白质网络数据库
1.3DID(3Dinteractingdomains)
简介：搜集3D结构已知的蛋白质的互作信息，可通过结构域名称、基序名称、蛋白质序列、GO编码、PDBID、Pfam编码进行检索。
2.DOMINE
简介：结构域互作数据库。
3.PiSite(DatabaseofProteininteractionsites)
简介：以PDB为基础，在蛋白质序列中搜寻互作位点。
4.BindingMOAD
5.Phospho.ELM
简介：蛋白质磷酸化位点数据库
6.SuperSite
简介：蛋白质中代谢物、药物结合位点数据库，提供结合机制、识别机制、保守结合位点等信息。
7.STITCH
简介：蛋白质-化合物作用网数据库
8.Reactome
简介：人体生命活动路径与过程数据库，提供生化过程网络图，并对参与其中的蛋白质分子有详细注解，与其他数据库如UniPort、KEGG、OMIM等建立了广泛的交叉应用。
9.PID(PathwayInteractionDatabase)
简介：由NCI和Nature共同创立，提供已知的人体细胞信号转导、调节活动及主要细胞生命过的蛋白质路径网，可通过输入某个分子名或代谢过程名称进行查询。
10.UniHI(UnifiedHumanInteractomedatabase)
简介：人体蛋白-蛋白相互作用数据库，可根据蛋白质名称、代谢路径等进行查询。
11.VirHostNet
12.Bionemo(molecularinformationonbiodegradationmetabolism)
13.PMAP
简介：蛋白质水解路径数据库
四蛋白质三维结构数据库
1.PDB(ProteinDataBank)
简介：生物大分子结构数据库，提供蛋白质、核酸等生物大分子的三维结构数据、序列详细信息、生化性质等。
2.SARST(StructuralsimilaritysearchAidedbyRamachandranSequentialTransformation)
简介：高效的蛋白质结构比对数据库
五蛋白质基序数据库
1.CDD(ConservedDomainDatabase)
2.Blocks
简介：蛋白家族保守区对比数据库
3.CPDB(databaseofcircularpermutationinproteins)
简介：蛋白质环形序列重组基序数据库。蛋白质的环形序列重组(Circularpermutation,orCP)可看作是原来的N与C端被接在一起，然后在另一处产生新开口。虽然当前已有很多知名的蛋白质家族被发现有CP成员，而且也有研究指出蛋白质结构资料库中可能存在着不少CP实例，高效率的CP搜寻工具却很罕见。CPSARST提供了一套有效的CP搜寻工具。
4.MegaMotifbase
简介：蛋白质基序家族、超家族数据库，提供已知基序的3D定位图、转角距等数据。
5.MinimotifMiner
简介：蛋白质基序检测数据库，提供在蛋白质序列中寻找基序的服务。
6.Pfam
简介：提供多序列比对服务和并提供共同的蛋白质结构域的隐马尔可夫模型。
六预测类数据库
1.InterPreTS(InteractionPredictionthroughTertiaryStructure)
简介：提供通过三级结构预测蛋白质相互作用的服务，可输入两个蛋白质的序列信息进行查询。
2.Predictome
简介：预测蛋白质间功能关系的数据库。这些蛋白质间的关系是基于将3种计算机预测法，即染色体相邻法、系统发育谱法、结构域融合法应用与44个基因组上而得到的。